Primers used for qRT-PCR following siRNA/shRNA knockdown
| Name . | Sequence . | Source . |
|---|---|---|
| ATG16L1 | 5′-CAGTTACGTGGCGGCAGGCT-3′/5′-ACAACGTGCGAGCCAGAGGG-3′ | Eurofins |
| ATG2B | 5′-AACTCACAAACAGAATGGTTCAAA-3′/5′-AAGGGTACCAGGAAGACACCA-3′ | Eurofins |
| ATG3 | 5′-CATGCAGGCATGCTGAGGTG-3′/CGTTAACAGCCATTTTGCCACT-3′ | Eurofins |
| ATG5 | 5′-AGCAACTCTGGATGGGATTG-3′/5′-CACTGCAGAGGTGTTTCCAA-3′ | Eurofins |
| ATG7 | 5′-CAATCTGGGCTAAATGCCATTTCTGGAAG-3′/5′-AGCCCAGTACCCTGGATGG-3′ | Eurofins |
| COL4A3 | 5′-GCAGATGCACTGTTTGTGAA-3′/5′-GTTTAATGAAGCCAGCCAGA-3′ | Eurofins |
| COL4A4 | 5′-CTCCTGGTTCTCCACAGTCAG-3′/5′-TGTTGCAGTAGGCAAAGGGCA-3′ | Eurofins |
| GAPDH | 5′-TTGAGGTCAATGAAGGGGTC-3′/5′-GAAGGTGAAGGTCGGAGTCA-3′ | Eurofins |
| LMX1A | 5′-AGAGCTCGCCTACCAGGTC-3′/5′-GAAGGAGGCCGAGGTGTC-3′ | Eurofins |
| LMX1A (construct) | 5′-GATGGCTTGAAGATGGAGGA-3′/5′-TCTCAGCAGAAAGCGATCCA-3′ | Eurofins |
| LMX1B | 5′-GTGTGAACGGCAGCTACGC-3′/5′-TCATCCTCGCTCTTCACGG-3′ | Eurofins |
| LMX1B (construct) | 5′-GGTCAGACGGATTGTGCCAA-3′/5′-CTCTTCATGCCAGCTAGACTC-3′ | Eurofins |
| MSX1 | 5′-CGAGAGGACCCCGTGGATGCAGAG-3′/5′-GGCGGCCATCTTCAGCTTCTCCAG-3′ | Eurofins |
| NDP52 | 5′-ACCATGGAGGAGACCATCAA-3′/5′-TTCTGGACGGAATTGGAAAG-3′ | Eurofins |
| NURR1 | 5′-GTGTTCAGGCGCAGTATGG-3′/5′-TGGCAGTAATTTCAGTGTTGG-3′ | Eurofins |
| OPTN | 5′-TGCTGAGTCCGCACATAGA-3′/5′-GGGTCCATTTCCTGTGCTT-3′ | Eurofins |
| p62 | 5′-CTGGGACTGAGAAGGCTCAC-3′/5′-GCAGCTGATGGTTTGGAAAT-3′ | Eurofins |
| PINK1 | 5′-GCCTCATCGAGGAAAACAGG-3′/5′-GTCTCGTGTCCAACGGGTC-3′ | Eurofins |
| PITX3 | 5′-ACTAGCCCTCCCTCCAT-3′/5′-TTTCAGCGAACCGTCCT-3′ | Eurofins |
| TFEB | 5′-CCAGAAGCGAGAGCTCACAGAT-3′/5′-TGTGATTGTCTTTCTTCTGCCG-3′ | Eurofins |
| TH | 5′-GCCGTGCTAAACCTGCTCTT-3′/5′-GTCTCAAACACCTTCACAGCTC-3′ | Eurofins |
| TUJ1 | 5′-ATGAGGGAGATCGTGCACAT-3′/5′-GCCCCTGAGCGGACACTGT-3′ | Eurofins |
| ULK1 | TCATCTTCAGCCACGCTGT-3′/5′-CACGGTGCTGGAACATCTC-3′ | Eurofins |
| UVRAG | 5′-CGGAACATTGCTGCCCGGAACA-3′/5′-TCGCCACGTGGGATTCAAGGAAT-3′ | Eurofins |
| Name . | Sequence . | Source . |
|---|---|---|
| ATG16L1 | 5′-CAGTTACGTGGCGGCAGGCT-3′/5′-ACAACGTGCGAGCCAGAGGG-3′ | Eurofins |
| ATG2B | 5′-AACTCACAAACAGAATGGTTCAAA-3′/5′-AAGGGTACCAGGAAGACACCA-3′ | Eurofins |
| ATG3 | 5′-CATGCAGGCATGCTGAGGTG-3′/CGTTAACAGCCATTTTGCCACT-3′ | Eurofins |
| ATG5 | 5′-AGCAACTCTGGATGGGATTG-3′/5′-CACTGCAGAGGTGTTTCCAA-3′ | Eurofins |
| ATG7 | 5′-CAATCTGGGCTAAATGCCATTTCTGGAAG-3′/5′-AGCCCAGTACCCTGGATGG-3′ | Eurofins |
| COL4A3 | 5′-GCAGATGCACTGTTTGTGAA-3′/5′-GTTTAATGAAGCCAGCCAGA-3′ | Eurofins |
| COL4A4 | 5′-CTCCTGGTTCTCCACAGTCAG-3′/5′-TGTTGCAGTAGGCAAAGGGCA-3′ | Eurofins |
| GAPDH | 5′-TTGAGGTCAATGAAGGGGTC-3′/5′-GAAGGTGAAGGTCGGAGTCA-3′ | Eurofins |
| LMX1A | 5′-AGAGCTCGCCTACCAGGTC-3′/5′-GAAGGAGGCCGAGGTGTC-3′ | Eurofins |
| LMX1A (construct) | 5′-GATGGCTTGAAGATGGAGGA-3′/5′-TCTCAGCAGAAAGCGATCCA-3′ | Eurofins |
| LMX1B | 5′-GTGTGAACGGCAGCTACGC-3′/5′-TCATCCTCGCTCTTCACGG-3′ | Eurofins |
| LMX1B (construct) | 5′-GGTCAGACGGATTGTGCCAA-3′/5′-CTCTTCATGCCAGCTAGACTC-3′ | Eurofins |
| MSX1 | 5′-CGAGAGGACCCCGTGGATGCAGAG-3′/5′-GGCGGCCATCTTCAGCTTCTCCAG-3′ | Eurofins |
| NDP52 | 5′-ACCATGGAGGAGACCATCAA-3′/5′-TTCTGGACGGAATTGGAAAG-3′ | Eurofins |
| NURR1 | 5′-GTGTTCAGGCGCAGTATGG-3′/5′-TGGCAGTAATTTCAGTGTTGG-3′ | Eurofins |
| OPTN | 5′-TGCTGAGTCCGCACATAGA-3′/5′-GGGTCCATTTCCTGTGCTT-3′ | Eurofins |
| p62 | 5′-CTGGGACTGAGAAGGCTCAC-3′/5′-GCAGCTGATGGTTTGGAAAT-3′ | Eurofins |
| PINK1 | 5′-GCCTCATCGAGGAAAACAGG-3′/5′-GTCTCGTGTCCAACGGGTC-3′ | Eurofins |
| PITX3 | 5′-ACTAGCCCTCCCTCCAT-3′/5′-TTTCAGCGAACCGTCCT-3′ | Eurofins |
| TFEB | 5′-CCAGAAGCGAGAGCTCACAGAT-3′/5′-TGTGATTGTCTTTCTTCTGCCG-3′ | Eurofins |
| TH | 5′-GCCGTGCTAAACCTGCTCTT-3′/5′-GTCTCAAACACCTTCACAGCTC-3′ | Eurofins |
| TUJ1 | 5′-ATGAGGGAGATCGTGCACAT-3′/5′-GCCCCTGAGCGGACACTGT-3′ | Eurofins |
| ULK1 | TCATCTTCAGCCACGCTGT-3′/5′-CACGGTGCTGGAACATCTC-3′ | Eurofins |
| UVRAG | 5′-CGGAACATTGCTGCCCGGAACA-3′/5′-TCGCCACGTGGGATTCAAGGAAT-3′ | Eurofins |