Table 2.
Cryo-EM data collection and model statistics
DatasetSP1 untreatedSP2 EDTA treatedSP3sym EDTA treatedSP3bent EDTA treatedSP4sym EDTA/TPEN treatedSP4bent EDTA/TPEN treated
Deposition N/A   N/A N/A N/A 
PDB  7KZX 7KZZ    
EMDB  EMD-23092 EMD-23093    
Data collection and processing       
Magnification 81,000 81,000 81,000 81,000 81,000 81,000 
Voltage (kV) 300 300 300 300 300 300 
Electron exposure (e–/Å2) 83 77 65 65 50 50 
Defocus range (μm) 1.0-3.0 1.5-3.0 1-2.5 1-2.5 1-2.5 1-2.5 
Pixel size (Å) 1.035 1.035 1.048 1.048 1.079 1.079 
Symmetry imposed C2 C1 C2 C1 C2 C1 
Initial particle images (no.) 473,960 848,576 1,448,191 1,448,191 1,685,559 1,685,559 
Final particle images (no.) 102,390 140,565 151,898 85,207 287,608 140,971 
Map resolution (Å) 3.83 4.00 3.42 4.18 3.52 4.66 
FSC threshold 0.143 0.143 0.143 0.143 0.143 0.143 
Model refinement    MDFFa MDFFa MDFFa 
Model composition       
 Nonhydrogen atoms 10416 10446 10470 10446 10468 10446 
 Protein residues 1362 1361 1364 1361 1364 1361 
 Ligands 8 0 8 0 0 0 
RMS deviations       
 Bond lengths (Å) 0.004 0.011 0.014 0.012 0.012 0.009 
 Bond angles (°) 0.884 1.103 2.397 1.275 1.238 1.119 
Validation       
 MolProbity score 2.39 2.31 2.13 2.73 2.41 2.65 
 Clashscore 20.96 19.88 2.30 40.62 21.56 34.86 
 Rotamer outliers (%) 0.00 0.00 4.11 0.00 0.00 0.00 
 CaBLAM outliers (%) 3.88 4.72 5.70 6.02 5.02 4.42 
Ramachandran plot       
 Favored (%) 89.16 91.10 85.00 86.16 88.66 86.84 
 Allowed (%) 10.84 8.60 11.57 13.61 11.04 13.16 
 Disallowed (%) 0.00 0.30 3.43 0.22 0.30 0.00 
Model vs. data CC (mask) 0.78 0.81 0.78 0.78 0.81 0.82 

FSC, forward scatter.

a

Models created by Namdinator, which removes Zn ligands during its fitting process.

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal