Table II.

Model analysis of early SIV evolution in SIVsmE660- and SIVmac251-infected rhesus macaques

Subject Sample time Infection route No. of sequences examined Max. HD BEAST estimated days since MRCA (95% CI) Poisson estimated days since MRCA (95% CI) λa SDb Goodness of fit p-valuec 
SIVsmE660-infected animals 
CG7V Ramp-up i.r. 39 2  6 (3,8) 0.308 0.082 0.584 
 Peak i.r. 23 4 12 (8,19) 13 (7,20) 0.762 0.190 0.840 
CP3C Ramp-up i.r. 19 3  13 (6,20) 1.053 0.189 0.913 
 Peak i.r. 10 3 17 (10,29) 11 (3,18) 1.000 0.220 0.815 
CG87 Ramp-up i.r. 23 4  15 (8,22) 0.854 0.210 0.663 
 Peak i.r. 33 4 20 (12,34) 23 (18,28) 1.311 0.156 0.220 
CG7G Ramp-up i.r. 18 2  12 (6,17) 0.667 0.159 0.317 
 Peak i.r. 17 3 16 (10,27) 13 (6,20) 0.750 0.209 0.865 
AK9F Peak i.r. 19 4 12 (2,43) 14 (7,22) 0.807 0.216 0.886 
CP37d – – – – – – – – – 
CP23 2 wk after peak i.r. 37 8 50 (28,84) 55 (47,62) 3.129 0.221 0.038 
CR54 Peak i.v. 17 3 14 (2,52) 12 (5,20) 0.706 0.206 0.874 
SIVmac251-infected animals 
CP1W Ramp-up i.r. 69 4  6 (1,10) 0.316 0.123 0.654 
 Peak i.r. 68 4 12 (8,20) 10 (5,15) 0.552 0.143 0.906 
CT76 Ramp-up i.r. 20 3  17 (10,24) 0.968 0.208 0.809 
 Peak i.r. 22 3 16 (7,34) 7 (1,12) 0.455 0.153 0.701 
PBE Ramp-up i.r. 17 2  6 (2,11) 0.353 0.139 0.646 
 Peak i.r. 24 4 13 (8,21) 12 (7,17) 0.667 0.142 0.211 
CR2A Ramp-up i.r. 19 3  2 (0,5) 0.105 0.077 0.750 
 Peak i.r. 27 2 8 (7,14) 5 (2,9) 0.296 0.101 0.637 
CR53 Peak i.r. 30 4 12 (3,58) 12 (6,18) 0.667 0.166 0.478 
AV74 Ramp-up i.v. 35 3  5 (2,9) 0.284 0.103 0.703 
 Peak i.v. 36 3 12 (8,20) 14 (8,20) 0.778 0.174 0.621 
AH4X Peak i.r. 21 6 11 (2,80) 10 (4,16) 0.561 0.173 0.894 
CG71 Ramp-up i.v. 22 2  7 (2,11) 0.364 0.124 0.617 
 Peak i.v. 16 5 14 (8,25) 17 (8,27) 0.983 0.279 0.630 
CG5G Ramp-up i.v. 24 4  6 (1,11) 0.333 0.137 0.655 
 Peak i.v. 17 4 9 (7,14) 6 (2,11) 0.353 0.136 0.646 
AV66 Ramp-up i.r. 20 2  5 (1,9) 0.300 0.115 0.657 
 Peak i.r. 24 2 9 (7,28) 3 (0,6) 0.167 0.082 0.713 
Subject Sample time Infection route No. of sequences examined Max. HD BEAST estimated days since MRCA (95% CI) Poisson estimated days since MRCA (95% CI) λa SDb Goodness of fit p-valuec 
SIVsmE660-infected animals 
CG7V Ramp-up i.r. 39 2  6 (3,8) 0.308 0.082 0.584 
 Peak i.r. 23 4 12 (8,19) 13 (7,20) 0.762 0.190 0.840 
CP3C Ramp-up i.r. 19 3  13 (6,20) 1.053 0.189 0.913 
 Peak i.r. 10 3 17 (10,29) 11 (3,18) 1.000 0.220 0.815 
CG87 Ramp-up i.r. 23 4  15 (8,22) 0.854 0.210 0.663 
 Peak i.r. 33 4 20 (12,34) 23 (18,28) 1.311 0.156 0.220 
CG7G Ramp-up i.r. 18 2  12 (6,17) 0.667 0.159 0.317 
 Peak i.r. 17 3 16 (10,27) 13 (6,20) 0.750 0.209 0.865 
AK9F Peak i.r. 19 4 12 (2,43) 14 (7,22) 0.807 0.216 0.886 
CP37d – – – – – – – – – 
CP23 2 wk after peak i.r. 37 8 50 (28,84) 55 (47,62) 3.129 0.221 0.038 
CR54 Peak i.v. 17 3 14 (2,52) 12 (5,20) 0.706 0.206 0.874 
SIVmac251-infected animals 
CP1W Ramp-up i.r. 69 4  6 (1,10) 0.316 0.123 0.654 
 Peak i.r. 68 4 12 (8,20) 10 (5,15) 0.552 0.143 0.906 
CT76 Ramp-up i.r. 20 3  17 (10,24) 0.968 0.208 0.809 
 Peak i.r. 22 3 16 (7,34) 7 (1,12) 0.455 0.153 0.701 
PBE Ramp-up i.r. 17 2  6 (2,11) 0.353 0.139 0.646 
 Peak i.r. 24 4 13 (8,21) 12 (7,17) 0.667 0.142 0.211 
CR2A Ramp-up i.r. 19 3  2 (0,5) 0.105 0.077 0.750 
 Peak i.r. 27 2 8 (7,14) 5 (2,9) 0.296 0.101 0.637 
CR53 Peak i.r. 30 4 12 (3,58) 12 (6,18) 0.667 0.166 0.478 
AV74 Ramp-up i.v. 35 3  5 (2,9) 0.284 0.103 0.703 
 Peak i.v. 36 3 12 (8,20) 14 (8,20) 0.778 0.174 0.621 
AH4X Peak i.r. 21 6 11 (2,80) 10 (4,16) 0.561 0.173 0.894 
CG71 Ramp-up i.v. 22 2  7 (2,11) 0.364 0.124 0.617 
 Peak i.v. 16 5 14 (8,25) 17 (8,27) 0.983 0.279 0.630 
CG5G Ramp-up i.v. 24 4  6 (1,11) 0.333 0.137 0.655 
 Peak i.v. 17 4 9 (7,14) 6 (2,11) 0.353 0.136 0.646 
AV66 Ramp-up i.r. 20 2  5 (1,9) 0.300 0.115 0.657 
 Peak i.r. 24 2 9 (7,28) 3 (0,6) 0.167 0.082 0.713 
a

Mean of best fitting Poisson distribution defined by the free parameter λ.

b

SD of λ obtained by using jacknife.

c

P < 0.05 indicates that sequences deviate significantly from a Poisson distribution.

d

Not applicable; too many variants to identify major lineage.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal