Table II.

DM1–HLA-B*4405EENL interactions

 TCR residue MHC or peptide residues Bond type Gene segment 
CDR1α Gly 30 Ala 158 vdw Vα 
CDR1α Asn 31 Gln 155, Tyr 159, Leu 163 vdw Vα 
CDR1α Tyr 33 Arg 151, Gln 155 vdw Vα 
CDR2α Leu 57 Arg 151, Glu 154 vdw Vα 
FW Glu 67Oe1, Oe2 Arg 151NH1, NH2 salt bridge Vα 
FW Glu 67 Arg 151 vdw Vα 
FW Glu 84 Thr 41 vdw Vα 
CDR3α Tyr 110 Arg 62, Gln 65, Ile 66, vdw Jα 
CDR3α Gln 111 Gln 65 vdw Jα 
CDR1β Asn 30Nδ2 Glu 76Oε1 H bond Vβ 
CDR1β Asn 30 Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Gln 57Nε2 Glu 76Oε2 H bond Vβ 
CDR2β Gln 57 Gln 72, Thr 73, Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Asn 58Oδ1 Gln 72Nε2 H bond Vβ 
CDR2β Asn 58 Gln 72, Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Glu 59 Gln 72 vdw Vβ 
FW Leu 66 Thr 69 vdw Vβ 
FW Glu 67 Glu 65 vdw Vβ 
CDR3β Asp 110Oδ1 Lys 146NZ salt bridge Dβ-N 
CDR3β Asp 110 Lys 146 vdw Dβ-N 
CDR3β Ser 112 Ala 150 vdw Jβ 
CDR3α Tyr 110 Leu 4, Asp 6 vdw Jα 
CDR3α Trp 107 Asp 6, Phe 7 vdw N region 
CDR3α Gly 109 Leu 5 vdw Jα 
CDR1β Asn 30 Arg 9 vdw Vβ 
CDR1β Asn 30Nδ2 Arg 9NH2 H bond Vβ 
CDR1β Arg 31NH1, NH2 Asp 6Oδ1, Oδ2 salt bridge Vβ 
CDR1β Arg 31Nε Arg 9NH1 H bond Vβ 
CDR1β Arg 31 Asp 6, Phe 7, Arg 9 vdw Vβ 
CDR3β Arg 107NH1, NH2 Asp 6Oδ1, Oδ2 salt bridge Vβ-N 
CDR3β Arg 107 Asp 6 vdw Vβ-N 
CDR3β Arg 109 Arg 9 vdw Dβ-N 
CDR3β Asp 110° Arg 9 Nε salt bridge Dβ-N 
CDR3β Asp 110 Phe 7, Arg 9 vdw Dβ-N 
CDR3β Asp 111 Arg 9 vdw N-Jβ 
CDR3β Ser 112 Phe 7 vdw Jβ 
CDR3β Tyr 113 Phe 7 vdw Jβ 
 TCR residue MHC or peptide residues Bond type Gene segment 
CDR1α Gly 30 Ala 158 vdw Vα 
CDR1α Asn 31 Gln 155, Tyr 159, Leu 163 vdw Vα 
CDR1α Tyr 33 Arg 151, Gln 155 vdw Vα 
CDR2α Leu 57 Arg 151, Glu 154 vdw Vα 
FW Glu 67Oe1, Oe2 Arg 151NH1, NH2 salt bridge Vα 
FW Glu 67 Arg 151 vdw Vα 
FW Glu 84 Thr 41 vdw Vα 
CDR3α Tyr 110 Arg 62, Gln 65, Ile 66, vdw Jα 
CDR3α Gln 111 Gln 65 vdw Jα 
CDR1β Asn 30Nδ2 Glu 76Oε1 H bond Vβ 
CDR1β Asn 30 Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Gln 57Nε2 Glu 76Oε2 H bond Vβ 
CDR2β Gln 57 Gln 72, Thr 73, Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Asn 58Oδ1 Gln 72Nε2 H bond Vβ 
CDR2β Asn 58 Gln 72, Glu 76 vdw Vβ 
CDR2β Glu 59 Gln 72 vdw Vβ 
FW Leu 66 Thr 69 vdw Vβ 
FW Glu 67 Glu 65 vdw Vβ 
CDR3β Asp 110Oδ1 Lys 146NZ salt bridge Dβ-N 
CDR3β Asp 110 Lys 146 vdw Dβ-N 
CDR3β Ser 112 Ala 150 vdw Jβ 
CDR3α Tyr 110 Leu 4, Asp 6 vdw Jα 
CDR3α Trp 107 Asp 6, Phe 7 vdw N region 
CDR3α Gly 109 Leu 5 vdw Jα 
CDR1β Asn 30 Arg 9 vdw Vβ 
CDR1β Asn 30Nδ2 Arg 9NH2 H bond Vβ 
CDR1β Arg 31NH1, NH2 Asp 6Oδ1, Oδ2 salt bridge Vβ 
CDR1β Arg 31Nε Arg 9NH1 H bond Vβ 
CDR1β Arg 31 Asp 6, Phe 7, Arg 9 vdw Vβ 
CDR3β Arg 107NH1, NH2 Asp 6Oδ1, Oδ2 salt bridge Vβ-N 
CDR3β Arg 107 Asp 6 vdw Vβ-N 
CDR3β Arg 109 Arg 9 vdw Dβ-N 
CDR3β Asp 110° Arg 9 Nε salt bridge Dβ-N 
CDR3β Asp 110 Phe 7, Arg 9 vdw Dβ-N 
CDR3β Asp 111 Arg 9 vdw N-Jβ 
CDR3β Ser 112 Phe 7 vdw Jβ 
CDR3β Tyr 113 Phe 7 vdw Jβ 

Superscripted designations indicate the atom involved in hydrogen bonding. The vdw cutoff distance was ≤4 Å. D, diversity; FW, framework residue; J, joining; N, nongermline encoded; V, variable.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal