Table I.

Phenotypic and genotypic characterization of BCL2/IGH junctions in isolated B cell subsets from both exposed and control HI

 B cell subsets PCRa RAG-mediated activity AID-mediated activity GC transitb 
 IgDc CD10 CD27d Nb clones BCL2-mbr (5′ to 3′)e N nucleotides (5′ to 3′) JH CSR SHMf Rate (%)  
Exposedg 
    78 − SR (1) CAGTGGTGCTTACGCTCCACCA CCCCTGAGGCAGAT J6 n.a. n.a. – – 
 n.d. SR(3)/LR(1) AAGAAAGCAGGAAe GAACGTTACCTCAGGGGACTTCCCCGCGCCCCCCG J6 γ1 9/821 10.9 yes 
 − SR (1) CAGACCTCCCCCGGC ∅︀ J6 n.a. n.a.  – 
 − LR (1) CAGTGGTGCTTACGCTCC TTCGGGTGTGATCGGTCGG J6 μ 3/1,262 2.4 yes 
 − LR (1) AAGAAAGCAGGAAe GAACGTTACCTCAGGGGACTTCCCCGCGCCCCCCG J6 γ1 8/821 9.8 yes 
 − LR (1) CAGTGGTG TTGTAGTAGGAAA J6 μ 1/1,262 0.8 yes 
 − LR (1) CAGTGGTG TTGTAGTAGGAAA J6 γ1 1/474 2.1 yes 
    138 − SR (1) CAGTGGTGCTTACGCT ATCGCGACGGGCTA J3-6 n.a. n.a.   
 − − LR (1) ACAAGTCCTTTA (*ICR) GATCGGGGTCCCCCCGGGA J6b γ2 4/900 4.4 yes 
 +/−h − LR (3) CAGACCTC TTGTGAGGGGCCATGGTTATCCCAGGACGTCGTCGCCGA J6b γ1 44/4,176 10.5 yes 
    326 − SR (1) CAGTGGe ATACTTGGGACAG J4 n.a. n.a.  – 
 − SR (1) CAGTGGTGCTTA TCAGGTAGGGGG J6 n.a. n.a.  – 
 − − LR (1) CAGTGGe ATACTTGGGACAG J4 γ1 1/687 1.5 yes 
 − LR (2) CCTCCTGCCCTCC GGTAGACTAGACCC J4 μ 6/2,524 2.4 yes 
    431 − SR(7)/LR(2) CAGTGGTGCTTAe AATTTAGTCT J6 μ 6/2,524 2.4 yes 
 − LR (2) CAGTGGTGCTTAe AATTTAGTCT J6 μ 3/2,276 1.3 yes 
    433 − SR (1) CAGACCTCCCCCGGCGG TTTTTCGAAGACGATATCAGGGT J6 n.a. n.a.  – 
 − LR (1) CAGACCTCCCCC CCGAGCG J4 μ 10/753 13.5 yes 
    576 +/− − LR (3) CCTCCTGCCCTC GTACGATTTTTGGAGTGGTCT J6 μ 4/2,046 1.9 yes 
    605 − SR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCe GGGTTTACTCCCCGGGTTTT J5 n.a. n.a.  – 
 +/− SR(1)/LR(1) TGCTTTACGT TGCTC J6 μ 1/1,262 0.8 yes 
 SR (1) AAGAAAGCAGGAe CCCCCACGGAG J6 n.a. n.a.  yes 
 − LR (1) TCAGGGAACAGAA CCCCTAGATAGTGGGAGCTCCAT J6b μ 0/1,262 – 
 − − LR (1) CAGTGGTGCTTA AGGAAGAAGTCG J4 μ 2/1,262 1.6 yes 
 − LR (1) AAGAAAGCAGGAe CCCCCACGGAG J6 μ n.d. n.d. yes 
 − LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe TCGAGAGAAG J5 μ 5/1,262 yes 
    611 − LR (3) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 μ 20/3,500 5.7 yes 
 n.d. SR (3) CAGACCTCCCCCGGe TTAGAGTTTGTGGGGCCCGTTGGGACG J6 n.a. n.a.  yes 
 n.d. SR (1) CAGTGGTGCTTACG TGCCGACCAAA J3 n.a. n.a.  yes 
 − SR (2) AAGAAAGCAG AGGGCCCCACCCTG J6 n.a. n.a.  – 
 n.d. SR (4) AAGAAAGCA AGGCAGGGCTTCGAGGG J6 n.a. n.a.  yes 
 +/− − LR (4) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 μ 21/5,048 4.2 yes 
 +/− − LR (3) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 γ1 2/95 i yes 
 − − LR (1) CAGACCTCCCCCGGe TTAGAGTTTGTGGGGCCCGTTGGGACG J6 γ3 23/1,109 20.7 yes 
 − − LR (1) CAGACCTCCC GAGATAGGGTTCAGGGGC J6 γ3 11/667 16.5 yes 
 − LR (1) CAGTGGTGCTTAC CGCCCTAGCTGC J6 γ1 7/857 8.1 yes 
Anonymous blood donorsf 
    33 n.d. n.d. LR (1) CTTTACGTGGCCTe TAGTACCAGCTGCCCCCTA J6 μ n.d. n.d. – 
 n.d. n.d. SR (3) CAGTGGTGCe CAGCTGCCCCCCCCCGCCTGGCGGTGGGTTGTGCGGCCCC J1 n.a. n.a.  – 
 n.d. n.d. LR (1) CAGTGGTGC CCTCGCCATATGTTCGTAACCCCGTCACCACC J6 γ3 2/521 3.8 yes 
 n.d. − SR (1) CTTTACGTGGCCTe TAGTACCAGCTGCCCCCTA J6 n.a. n.a.  yes 
 n.d. − SR (7) CAGTGGTGCe CAGCTGCCCCCCCCCGCCTGGCGGTGGGTTGTGCGGCCCC J1 n.a. n.a.  yes 
 n.d. − SR(13)/LR(3) CAGTGG GGGT J6 μ 5/1,262 yes 
    37 n.d. n.d. LR (1) CCTCCTGCCCTCCTT AAACCA J4 μ 13/1,282 11.1 yes 
 n.d. n.d. SR(5)/LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe CCTTGGGGGGCT J6 μ 3/1,448 yes 
 n.d. n.d. SR (1) CAGTGGTGCTTe GATTAGAGG J5 n.a. n.a.  – 
 n.d. n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGe AGAACCCCGCATAAA J6 μ 1/1,526 0.7 – 
 n.d. − SR(4)/LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe CCTTGGGGGGCT J6 μ 8/2,793 2.9 yes 
 n.d. − SR(1)/LR (1) CAGTGGTGCTTe GATTAGAGG J5 μ 2/2,966 0.7 yes 
 n.d. − SR (4) CAGACCTCCCCGe AGAACCCCGCATAAA J6 n.a. n.a.  yes 
Controlsf 
    118 n.d. LR (1) CTCCTTCCGCGGG J4 μ 5/2,620 1.9 yes 
 n.d. LR (1) CAGTGGTGCTTA GTGAATAGCGGGGCTC J3 μ 3/1,262 2.4 yes 
    92 n.d. LR (1) GCTTTCTCATGG TTCTTTTTCGGTAGGGTTGAGCACG J5 μ 0/1,262 yes 
    LR (1) CAGTGGTGCTTAC TGACCTCGGTCGA J4 μ 2/1,262 1.6  
    111 n.d. LR (2) CAGTGGT TTCTTTCGGGG-(DH3-9/DH3-10)-GTTAGG J5 μ 17/2,524 6.8 yes 
    100 n.d. LR (1) CAGTGGTG GATATTTTCGGGGGCAACGACCGGGAGGATTGTCTCAAAA J4 μ 1/1,262 0.8 yes 
    103 n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGGC CCCCCCCCAGAA J6 μ 2/1,262 1.5 yes 
    LR (4) CAGACCTCCCCGGC CCCCCCCCAGAA J6 γ1 7/5,048 1.4 yes 
    102 n.d. LR (4) CCTCCTGCCCTCCTTCCG TTCCTGTCCAAAAAG J6 μ 5/5,048 0.9 yes 
 n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGGC TGGGTTAGG J5 γ1 3/645 4.6 yes 
 − n.d. LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCGCGG CCGTTGTGGGGACTCA J6 μ 5/1,262 yes 
    127 n.d. LR (2) CAGACCTCCCCGG TATCGCTAAACACGAT J6 γ2 20/1,932 10.3 yes 
 − n.d. LR (3) CAGACCTCCCCGG TATCGCTAAACACGAT J6 γ2 110/7,329 15 yes 
 − n.d. LR (3) CAGTGGTGCTTA AGGTGGTC J6 γ1 n.d. n.d. yes 
 B cell subsets PCRa RAG-mediated activity AID-mediated activity GC transitb 
 IgDc CD10 CD27d Nb clones BCL2-mbr (5′ to 3′)e N nucleotides (5′ to 3′) JH CSR SHMf Rate (%)  
Exposedg 
    78 − SR (1) CAGTGGTGCTTACGCTCCACCA CCCCTGAGGCAGAT J6 n.a. n.a. – – 
 n.d. SR(3)/LR(1) AAGAAAGCAGGAAe GAACGTTACCTCAGGGGACTTCCCCGCGCCCCCCG J6 γ1 9/821 10.9 yes 
 − SR (1) CAGACCTCCCCCGGC ∅︀ J6 n.a. n.a.  – 
 − LR (1) CAGTGGTGCTTACGCTCC TTCGGGTGTGATCGGTCGG J6 μ 3/1,262 2.4 yes 
 − LR (1) AAGAAAGCAGGAAe GAACGTTACCTCAGGGGACTTCCCCGCGCCCCCCG J6 γ1 8/821 9.8 yes 
 − LR (1) CAGTGGTG TTGTAGTAGGAAA J6 μ 1/1,262 0.8 yes 
 − LR (1) CAGTGGTG TTGTAGTAGGAAA J6 γ1 1/474 2.1 yes 
    138 − SR (1) CAGTGGTGCTTACGCT ATCGCGACGGGCTA J3-6 n.a. n.a.   
 − − LR (1) ACAAGTCCTTTA (*ICR) GATCGGGGTCCCCCCGGGA J6b γ2 4/900 4.4 yes 
 +/−h − LR (3) CAGACCTC TTGTGAGGGGCCATGGTTATCCCAGGACGTCGTCGCCGA J6b γ1 44/4,176 10.5 yes 
    326 − SR (1) CAGTGGe ATACTTGGGACAG J4 n.a. n.a.  – 
 − SR (1) CAGTGGTGCTTA TCAGGTAGGGGG J6 n.a. n.a.  – 
 − − LR (1) CAGTGGe ATACTTGGGACAG J4 γ1 1/687 1.5 yes 
 − LR (2) CCTCCTGCCCTCC GGTAGACTAGACCC J4 μ 6/2,524 2.4 yes 
    431 − SR(7)/LR(2) CAGTGGTGCTTAe AATTTAGTCT J6 μ 6/2,524 2.4 yes 
 − LR (2) CAGTGGTGCTTAe AATTTAGTCT J6 μ 3/2,276 1.3 yes 
    433 − SR (1) CAGACCTCCCCCGGCGG TTTTTCGAAGACGATATCAGGGT J6 n.a. n.a.  – 
 − LR (1) CAGACCTCCCCC CCGAGCG J4 μ 10/753 13.5 yes 
    576 +/− − LR (3) CCTCCTGCCCTC GTACGATTTTTGGAGTGGTCT J6 μ 4/2,046 1.9 yes 
    605 − SR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCe GGGTTTACTCCCCGGGTTTT J5 n.a. n.a.  – 
 +/− SR(1)/LR(1) TGCTTTACGT TGCTC J6 μ 1/1,262 0.8 yes 
 SR (1) AAGAAAGCAGGAe CCCCCACGGAG J6 n.a. n.a.  yes 
 − LR (1) TCAGGGAACAGAA CCCCTAGATAGTGGGAGCTCCAT J6b μ 0/1,262 – 
 − − LR (1) CAGTGGTGCTTA AGGAAGAAGTCG J4 μ 2/1,262 1.6 yes 
 − LR (1) AAGAAAGCAGGAe CCCCCACGGAG J6 μ n.d. n.d. yes 
 − LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe TCGAGAGAAG J5 μ 5/1,262 yes 
    611 − LR (3) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 μ 20/3,500 5.7 yes 
 n.d. SR (3) CAGACCTCCCCCGGe TTAGAGTTTGTGGGGCCCGTTGGGACG J6 n.a. n.a.  yes 
 n.d. SR (1) CAGTGGTGCTTACG TGCCGACCAAA J3 n.a. n.a.  yes 
 − SR (2) AAGAAAGCAG AGGGCCCCACCCTG J6 n.a. n.a.  – 
 n.d. SR (4) AAGAAAGCA AGGCAGGGCTTCGAGGG J6 n.a. n.a.  yes 
 +/− − LR (4) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 μ 21/5,048 4.2 yes 
 +/− − LR (3) CAGTGGTGCe CGAATGG J6 γ1 2/95 i yes 
 − − LR (1) CAGACCTCCCCCGGe TTAGAGTTTGTGGGGCCCGTTGGGACG J6 γ3 23/1,109 20.7 yes 
 − − LR (1) CAGACCTCCC GAGATAGGGTTCAGGGGC J6 γ3 11/667 16.5 yes 
 − LR (1) CAGTGGTGCTTAC CGCCCTAGCTGC J6 γ1 7/857 8.1 yes 
Anonymous blood donorsf 
    33 n.d. n.d. LR (1) CTTTACGTGGCCTe TAGTACCAGCTGCCCCCTA J6 μ n.d. n.d. – 
 n.d. n.d. SR (3) CAGTGGTGCe CAGCTGCCCCCCCCCGCCTGGCGGTGGGTTGTGCGGCCCC J1 n.a. n.a.  – 
 n.d. n.d. LR (1) CAGTGGTGC CCTCGCCATATGTTCGTAACCCCGTCACCACC J6 γ3 2/521 3.8 yes 
 n.d. − SR (1) CTTTACGTGGCCTe TAGTACCAGCTGCCCCCTA J6 n.a. n.a.  yes 
 n.d. − SR (7) CAGTGGTGCe CAGCTGCCCCCCCCCGCCTGGCGGTGGGTTGTGCGGCCCC J1 n.a. n.a.  yes 
 n.d. − SR(13)/LR(3) CAGTGG GGGT J6 μ 5/1,262 yes 
    37 n.d. n.d. LR (1) CCTCCTGCCCTCCTT AAACCA J4 μ 13/1,282 11.1 yes 
 n.d. n.d. SR(5)/LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe CCTTGGGGGGCT J6 μ 3/1,448 yes 
 n.d. n.d. SR (1) CAGTGGTGCTTe GATTAGAGG J5 n.a. n.a.  – 
 n.d. n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGe AGAACCCCGCATAAA J6 μ 1/1,526 0.7 – 
 n.d. − SR(4)/LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCe CCTTGGGGGGCT J6 μ 8/2,793 2.9 yes 
 n.d. − SR(1)/LR (1) CAGTGGTGCTTe GATTAGAGG J5 μ 2/2,966 0.7 yes 
 n.d. − SR (4) CAGACCTCCCCGe AGAACCCCGCATAAA J6 n.a. n.a.  yes 
Controlsf 
    118 n.d. LR (1) CTCCTTCCGCGGG J4 μ 5/2,620 1.9 yes 
 n.d. LR (1) CAGTGGTGCTTA GTGAATAGCGGGGCTC J3 μ 3/1,262 2.4 yes 
    92 n.d. LR (1) GCTTTCTCATGG TTCTTTTTCGGTAGGGTTGAGCACG J5 μ 0/1,262 yes 
    LR (1) CAGTGGTGCTTAC TGACCTCGGTCGA J4 μ 2/1,262 1.6  
    111 n.d. LR (2) CAGTGGT TTCTTTCGGGG-(DH3-9/DH3-10)-GTTAGG J5 μ 17/2,524 6.8 yes 
    100 n.d. LR (1) CAGTGGTG GATATTTTCGGGGGCAACGACCGGGAGGATTGTCTCAAAA J4 μ 1/1,262 0.8 yes 
    103 n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGGC CCCCCCCCAGAA J6 μ 2/1,262 1.5 yes 
    LR (4) CAGACCTCCCCGGC CCCCCCCCAGAA J6 γ1 7/5,048 1.4 yes 
    102 n.d. LR (4) CCTCCTGCCCTCCTTCCG TTCCTGTCCAAAAAG J6 μ 5/5,048 0.9 yes 
 n.d. LR (1) CAGACCTCCCCGGC TGGGTTAGG J5 γ1 3/645 4.6 yes 
 − n.d. LR (1) CCTCCTGCCCTCCTTCCGCGG CCGTTGTGGGGACTCA J6 μ 5/1,262 yes 
    127 n.d. LR (2) CAGACCTCCCCGG TATCGCTAAACACGAT J6 γ2 20/1,932 10.3 yes 
 − n.d. LR (3) CAGACCTCCCCGG TATCGCTAAACACGAT J6 γ2 110/7,329 15 yes 
 − n.d. LR (3) CAGTGGTGCTTA AGGTGGTC J6 γ1 n.d. n.d. yes 

n.a., not applicable; n.d., not determined.

a

Type of PCR assay in which the fragment was obtained (number of positive amplicons of the given immunogeno-/phenotype; Fig. S6 B).

b

Based on CD27+ and/or CSR+ and/or SHM+.

c

See Fig. S3 for evaluation of the IgM status.

d

CD27 is a pertinent GC marker only when present, as the loss/absence of CD27 after GC transit has been shown to occur in recently identified memory B cell subsets (Ehrhardt et al., 2005; Wirths and Lanzavecchia, 2005; Tangye and Good, 2007) and is variably expressed on FL cells.

e

BCL2/JH junctions detected in both CD10+ and CD10 fractions.

f

SHM corresponds to the number of somatic mutations/total length of Sµ analyzed (bp). Background mutation levels were calculated to be 0.55‰ (Fig. S2 A).

g

Sorted according to CD10, CD27, and IgD for exposed samples (Fig. S6 A, top); according to CD10 and CD27 into CD10+ and CD10CD27+ for anonymous blood donors (Fig. S6 A, bottom); and according to CD27 and IgD for controls (only the CD27+ is shown). Eight additional anonymous blood donors were screened and excluded from the analysis due to the absence of the t(14;18) detection.

h

+/− indicates PCR fragments detected in both positive and negative sorted B cell fractions.

i

The mutation rate was not estimated due to the partial deletion of the Sµ region.

or Create an Account

Close Modal
Close Modal