Table II.

Oligonucleotide DNA/RNAs used in this study

Name Sequence Description Product size 
Primers for CR-1 mutants    
CR-1–F-NotI 5′-GCGGCCGCGCTGGGCCATCAGGAA-3′ Forward  
CR-1ΔEGF-F 5′-CCATGGGGATACAGCACAGTAAAGAGAACTGTGGGTCTGT-3′ Deletion  
CR-1ΔEGF-R 5′-ACAGACCCACAGTTCTCTTTACTGTGCTGTATCCCCATGG-3′ Deletion  
CR-1ΔCFC-F 5′-AGCACGATGTGCGCAAAGAGGGCCTTGTGATGGATGAGCA-3′ Deletion  
CR-1ΔCFC-R 5′-TGCTCATCCATCACAAGGCCCTCTTTGCGCACATCGTGCT-3′ Deletion  
CR-1ΔEΔC-F 5′-CCCATGGGGATACAGCACAGTGGCCTTGTGATGGATGAGCAC-3′ Deletion  
CR-1ΔEΔC-R 5′-GTGCTCATCCATCACAAGGCCACTGTGCTGTATCCCCATGGG-3′ Deletion  
CR-1–R-EcoRI 5′-GAATTCTTAATAGTAGCTTTGTATAGA-3′ Reverse  
Primers for Notch1 mutants    
N1MfeI-F 5′-CAATTGCCGCTGCCCACCGGA-3′ Forward  
N1ΔEGF8–24-F 5′-GGACGGGTCAGTACTGTACAGAGGACATCAATGAATGTG-3′ Deletion  
N1ΔEGF8–24-R 5′-GCACATTCATTGATGTCCTCTGTACAGTACTGACCCGTC-3′ Deletion  
N1MfeI-R 5′-CAATTGGCACCATTTTGGCAG-3′ Reverse  
N1EGF30-F-EcoRI 5′-GAATTCAGAGGTGGACGAGTGCTCACCT-3′ Forward  
N1EGF35-F-EcoRI 5′-GAATTCAGATGCCCGCACTTGTGGCAGC-3′ Forward  
N1LNR-F-EcoRI 5′-GAATTCAGAGCTGCCTGAGTGCCAGGTG-3′ Chimeric  
N1-YFP-F 5′-CGCAAGCGCCGGCGGCAGCATGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTG-3′ Chimeric  
N1-YFP-R 5′-CAGCTCCTCGCCCTTGCTCACATGCTGCCGCCGGCGCTTGCG-3′ Chimeric  
YFP-R-XbaI 5′-TCTAGACTTGTACAGCTCGTCCATGCC-3′ Reverse  
N1-ΔRQRR-F 5′-GTACCAGTGGTGGGGAGCTGGACCCCAT-3′ Mutagenesis  
N1-ΔRQRR-R 5′-ATGGGGTCCAGCTCCCCACCACTGGTAC-3′ Mutagenesis  
PCR primersa    
mNotch1-F 5′-ACAACAACGAGTGTGAGTCC-3′  221 bp 
mNotch1-R 5′-ACACGTGGCTCCTGTATATG-3′  221 bp 
mNotch2-F 5′-TGACTGTTCCCTCACTATGG-3′  150 bp 
mNotch2-R 5′-CACGTCTTGCTATTCCTCTG-3′  150 bp 
mNotch3-F 5′-AGATCAATGAGTGTGCATCC-3′  158 bp 
mNotch3-R 5′-GCAGACTCCATGACTACAGG-3′  158 bp 
mNotch4-F 5′-CTCTTGCCACTCAATTTCCCT-3′  188 bp 
mNotch4-R 5′-TTGCAGAGTTGGGTATCCCTG-3′  188 bp 
hNotch1-F 5′-AGGACCTCATCAACTCACACGC-3′  130 bp 
hNotch1-R 5′-TCTTTGTTAGCCCCGTTCTTCAG-3′  130 bp 
hNotch2-F 5′-CCGTGTTGACTTCTGCTCTCTCAC-3′  170 bp 
hNotch2-R 5′-CCTACTACCCTTGGCATCCTTTG-3′  170 bp 
hNotch3-F 5′-TCTCAGACTGGTCCGAATCCAC-3′  171 bp 
hNotch3-R 5′-ACACTTGCCTCTTGGGGGTAAC-3′  171 bp 
hNotch4-F 5′-ATGCGAGGAAGATACGGAGTGG-3′  112 bp 
hNotch4-R 5′-TCGGAATGTTGGAGGCAGAAC-3′  112 bp 
hHes-1–Fb 5′-AGGCGGACATTCTGGAAATG-3′  103 bp 
hHes-1–Rb 5′-CGGTACTTCCCCAGCACACTT-3′  103 bp 
hHey-1–Fb 5′-GAAACTTGAGTTCGGCTCTAGG-3′  113 bp 
hHey-1–Rb 5′-GCTTAGCAGATCCTTGCTCCAT-3′  113 bp 
hHey-2–Fb 5′-GGCGTCGGGATCGGATAAATA-3′  127 bp 
hHey-2–Rb 5′-AAGTAGCCTTTACCCCCTGTT-3′  127 bp 
hGAPDH-Fb 5′-GGACCTGACCTGCCGTCTAGAA-3′  141 bp 
hGAPDH-Rb 5′-GGTGTCGCTGTTGAAGTCAGAG-3′  141 bp 
mCr-1–F 5′-ATGGACGCAACTGTGAACATGATGTTCGCA-3′  174 bp 
mCr-1–R 5′-CTTTGAGGTCCTGGTCCATCACGTGACCAT-3′  174 bp 
mHes-1–Fc 5′-TCCTAACGCAGTGTCACCTTCCAG-3′  148 bp 
mHes-1–Rc 5′-CCAAGTTCGTTTTTAGTGTCCGTC-3′  148 bp 
mHey-1–Fc 5′-CAGGAGGGAAAGGTTATTTTGACG-3′  163 bp 
mHey-1–Rc 5′-TAGTTGTTGAGATGGGAGACCAGGCG-3′  163 bp 
mGAPDH-Fc 5′-AATGTGTCCGTCGTGGATCT-3′  256 bp 
mGAPDH-Rc 5′-CCCTGTTGCTGTAGCCGTAT-3′  256 bp 
siRNAs    
siCR-1_1-S 5′-CGCUUCUCUUACAGUGUGA-3′   
siCR-1_1-AS 5′-UCACACUGUAAGAGAAGCG-3′   
siCR-1_2-S 5′-GAAUUAUAUGUUCAGAUUA-3′   
siCR-1_2-AS 5′-UAAUCUGAACAUAUAAUUC-3′   
Name Sequence Description Product size 
Primers for CR-1 mutants    
CR-1–F-NotI 5′-GCGGCCGCGCTGGGCCATCAGGAA-3′ Forward  
CR-1ΔEGF-F 5′-CCATGGGGATACAGCACAGTAAAGAGAACTGTGGGTCTGT-3′ Deletion  
CR-1ΔEGF-R 5′-ACAGACCCACAGTTCTCTTTACTGTGCTGTATCCCCATGG-3′ Deletion  
CR-1ΔCFC-F 5′-AGCACGATGTGCGCAAAGAGGGCCTTGTGATGGATGAGCA-3′ Deletion  
CR-1ΔCFC-R 5′-TGCTCATCCATCACAAGGCCCTCTTTGCGCACATCGTGCT-3′ Deletion  
CR-1ΔEΔC-F 5′-CCCATGGGGATACAGCACAGTGGCCTTGTGATGGATGAGCAC-3′ Deletion  
CR-1ΔEΔC-R 5′-GTGCTCATCCATCACAAGGCCACTGTGCTGTATCCCCATGGG-3′ Deletion  
CR-1–R-EcoRI 5′-GAATTCTTAATAGTAGCTTTGTATAGA-3′ Reverse  
Primers for Notch1 mutants    
N1MfeI-F 5′-CAATTGCCGCTGCCCACCGGA-3′ Forward  
N1ΔEGF8–24-F 5′-GGACGGGTCAGTACTGTACAGAGGACATCAATGAATGTG-3′ Deletion  
N1ΔEGF8–24-R 5′-GCACATTCATTGATGTCCTCTGTACAGTACTGACCCGTC-3′ Deletion  
N1MfeI-R 5′-CAATTGGCACCATTTTGGCAG-3′ Reverse  
N1EGF30-F-EcoRI 5′-GAATTCAGAGGTGGACGAGTGCTCACCT-3′ Forward  
N1EGF35-F-EcoRI 5′-GAATTCAGATGCCCGCACTTGTGGCAGC-3′ Forward  
N1LNR-F-EcoRI 5′-GAATTCAGAGCTGCCTGAGTGCCAGGTG-3′ Chimeric  
N1-YFP-F 5′-CGCAAGCGCCGGCGGCAGCATGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTG-3′ Chimeric  
N1-YFP-R 5′-CAGCTCCTCGCCCTTGCTCACATGCTGCCGCCGGCGCTTGCG-3′ Chimeric  
YFP-R-XbaI 5′-TCTAGACTTGTACAGCTCGTCCATGCC-3′ Reverse  
N1-ΔRQRR-F 5′-GTACCAGTGGTGGGGAGCTGGACCCCAT-3′ Mutagenesis  
N1-ΔRQRR-R 5′-ATGGGGTCCAGCTCCCCACCACTGGTAC-3′ Mutagenesis  
PCR primersa    
mNotch1-F 5′-ACAACAACGAGTGTGAGTCC-3′  221 bp 
mNotch1-R 5′-ACACGTGGCTCCTGTATATG-3′  221 bp 
mNotch2-F 5′-TGACTGTTCCCTCACTATGG-3′  150 bp 
mNotch2-R 5′-CACGTCTTGCTATTCCTCTG-3′  150 bp 
mNotch3-F 5′-AGATCAATGAGTGTGCATCC-3′  158 bp 
mNotch3-R 5′-GCAGACTCCATGACTACAGG-3′  158 bp 
mNotch4-F 5′-CTCTTGCCACTCAATTTCCCT-3′  188 bp 
mNotch4-R 5′-TTGCAGAGTTGGGTATCCCTG-3′  188 bp 
hNotch1-F 5′-AGGACCTCATCAACTCACACGC-3′  130 bp 
hNotch1-R 5′-TCTTTGTTAGCCCCGTTCTTCAG-3′  130 bp 
hNotch2-F 5′-CCGTGTTGACTTCTGCTCTCTCAC-3′  170 bp 
hNotch2-R 5′-CCTACTACCCTTGGCATCCTTTG-3′  170 bp 
hNotch3-F 5′-TCTCAGACTGGTCCGAATCCAC-3′  171 bp 
hNotch3-R 5′-ACACTTGCCTCTTGGGGGTAAC-3′  171 bp 
hNotch4-F 5′-ATGCGAGGAAGATACGGAGTGG-3′  112 bp 
hNotch4-R 5′-TCGGAATGTTGGAGGCAGAAC-3′  112 bp 
hHes-1–Fb 5′-AGGCGGACATTCTGGAAATG-3′  103 bp 
hHes-1–Rb 5′-CGGTACTTCCCCAGCACACTT-3′  103 bp 
hHey-1–Fb 5′-GAAACTTGAGTTCGGCTCTAGG-3′  113 bp 
hHey-1–Rb 5′-GCTTAGCAGATCCTTGCTCCAT-3′  113 bp 
hHey-2–Fb 5′-GGCGTCGGGATCGGATAAATA-3′  127 bp 
hHey-2–Rb 5′-AAGTAGCCTTTACCCCCTGTT-3′  127 bp 
hGAPDH-Fb 5′-GGACCTGACCTGCCGTCTAGAA-3′  141 bp 
hGAPDH-Rb 5′-GGTGTCGCTGTTGAAGTCAGAG-3′  141 bp 
mCr-1–F 5′-ATGGACGCAACTGTGAACATGATGTTCGCA-3′  174 bp 
mCr-1–R 5′-CTTTGAGGTCCTGGTCCATCACGTGACCAT-3′  174 bp 
mHes-1–Fc 5′-TCCTAACGCAGTGTCACCTTCCAG-3′  148 bp 
mHes-1–Rc 5′-CCAAGTTCGTTTTTAGTGTCCGTC-3′  148 bp 
mHey-1–Fc 5′-CAGGAGGGAAAGGTTATTTTGACG-3′  163 bp 
mHey-1–Rc 5′-TAGTTGTTGAGATGGGAGACCAGGCG-3′  163 bp 
mGAPDH-Fc 5′-AATGTGTCCGTCGTGGATCT-3′  256 bp 
mGAPDH-Rc 5′-CCCTGTTGCTGTAGCCGTAT-3′  256 bp 
siRNAs    
siCR-1_1-S 5′-CGCUUCUCUUACAGUGUGA-3′   
siCR-1_1-AS 5′-UCACACUGUAAGAGAAGCG-3′   
siCR-1_2-S 5′-GAAUUAUAUGUUCAGAUUA-3′   
siCR-1_2-AS 5′-UAAUCUGAACAUAUAAUUC-3′   

Blank cells indicate that the information is not applicable.

a

Used for both quantitative PCR and conventional RT-PCR;

b

Human specific (no cross-reactivity with mouse cDNA);

c

Mouse specific (no cross-reactivity with human cDNA).

[ViewLarge]
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