Table I.

List of validated hits

Gene ID siRNA Alias Clusters Adhesome GO 
   FA morphology FA distribution Cell shape   
5217 PFN2 Profilin 2 MC-NE DC7 CC7 NR NR 
9829 DNAJC6 DJC6 MC4 DC-NE CC4 NR NR 
3706 ITPKA IP3KA MC-NE DC7 CC1 NR NR 
4690 NCK1 NCK-α MC6 DC5 CC-NE NR Cytoskeleton 
55742 PARVA MXRA2 MC4 DC7 CC1 FAC, cytoskeletal FAC, adhesion 
5578 PRKCA PKC-α MC3 DC6 CC6 FAC, S/T kinase NR 
545 ATR FRP1 MC-NE DC7 CC1 NR NR 
29904 EEF2K eEF-2K MC-NE DC7 CC2 NR NR 
2870 GRK6 GPRK6 MC-NE DC7 CC6 NR NR 
3685 ITGAV CD51 MC2 DC-NE CC1 FAC, adhesion FAC, adhesion 
4646 MYO6 DFNA22 MC5 DC6 CC1 NR Cytoskeleton 
5613 PRKX PKX1 MC3 DC6 CC5 NR NR 
157 ADRBK2 BARK2 MC-NE DC7 CC-NE NR NR 
369 ARAF A-RAF MC3 DC6 CC5 NR NR 
998 CDC42 CDC42Hs MC-NE DC-NE CC3 NR Cytoskeleton 
1847 DUSP5 DUSP MC1 DC6 CC-NE NR NR 
9294 EDG5 S1PR2 MC-NE DC7 CC1 NR NR 
10082 GPC6 MGC126288 MC2 DC5 CC7 NR NR 
9270 ITGB1BP1 ICAP1 MC-NE DC7 CC3 NR FAC, adhesion, migration 
79834 KIAA2002 SGK269 MC3 DC1 CC-NE NR NR 
78986 DUSP26 MKP8 MC3 DC7 CC3 NR NR 
4641 MYO1C NMI MC6 DC4 CC8 NR Cytoskeleton 
5289 PIK3C3 Vps34 MC4 DC6 CC5 NR NR 
5310 PKD1 PBP MC-NE DC7 CC1 FAC, channel FAC, adhesion 
5881 RAC3 RAC3 MC3 DC5 CC1  Cytoskeleton 
6093 ROCK1 P160ROCK MC3 DC6 CC5 FACA, S/T kinase Cytoskeleton, adhesion, migration 
6198 RPS6KB1 p70(S6K)-α MC4 DC7 CC-NE NR NR 
7077 TIMP2 CSC-21K MC6 DC6 CC-NE NR NR 
8491 MAP4K3 GLK MC-NE DC6 CC8 NR NR 
81629 TSSK3 STK22C MC4 DC6 CC1 NR NR 
8440 NCK2 NCKβ MC5 DC5 CC1 FAC, adapter Cytoskeleton 
1956 EGFR ERBB1 MC1 DC2 CC6 NR Adhesion, migration 
4637 MYL6 ESMLC MC3 DC8 CC8 NR Cytoskeleton 
657 BMPR1A ALK3 MC4 DC7 CC8 NR NR 
1844 DUSP2 PAC1 MC6 DC-NE CC-NE NR NR 
2534 FYN SYN MC3 DC1 CC-NE FACA, Tyr kinase NR 
5526 PPP2R5B PR61B MC-NE DC3 CC7 NR NR 
26191 PTPN22 LYP MC2 DC7 CC-NE NR NR 
858 CAV2 CAV MC1 DC-NE CC-NE NR NR 
3480 IGF1R CD221 MC-NE DC7 CC8 NR Migration 
6251 RSU1 RSP-1 MC4 DC7 CC1 NR Adhesion 
7094 TLN1 TLN MC6 DC7 CC7 FAC, cytoskeletal FAC, adhesion, migration 
9641 IKBKE IKKE MC2 DC-NE CC5 NR NR 
5218 PFTK1 PFTAIRE1 MC4 DC4 CC1 NR NR 
Gene ID siRNA Alias Clusters Adhesome GO 
   FA morphology FA distribution Cell shape   
5217 PFN2 Profilin 2 MC-NE DC7 CC7 NR NR 
9829 DNAJC6 DJC6 MC4 DC-NE CC4 NR NR 
3706 ITPKA IP3KA MC-NE DC7 CC1 NR NR 
4690 NCK1 NCK-α MC6 DC5 CC-NE NR Cytoskeleton 
55742 PARVA MXRA2 MC4 DC7 CC1 FAC, cytoskeletal FAC, adhesion 
5578 PRKCA PKC-α MC3 DC6 CC6 FAC, S/T kinase NR 
545 ATR FRP1 MC-NE DC7 CC1 NR NR 
29904 EEF2K eEF-2K MC-NE DC7 CC2 NR NR 
2870 GRK6 GPRK6 MC-NE DC7 CC6 NR NR 
3685 ITGAV CD51 MC2 DC-NE CC1 FAC, adhesion FAC, adhesion 
4646 MYO6 DFNA22 MC5 DC6 CC1 NR Cytoskeleton 
5613 PRKX PKX1 MC3 DC6 CC5 NR NR 
157 ADRBK2 BARK2 MC-NE DC7 CC-NE NR NR 
369 ARAF A-RAF MC3 DC6 CC5 NR NR 
998 CDC42 CDC42Hs MC-NE DC-NE CC3 NR Cytoskeleton 
1847 DUSP5 DUSP MC1 DC6 CC-NE NR NR 
9294 EDG5 S1PR2 MC-NE DC7 CC1 NR NR 
10082 GPC6 MGC126288 MC2 DC5 CC7 NR NR 
9270 ITGB1BP1 ICAP1 MC-NE DC7 CC3 NR FAC, adhesion, migration 
79834 KIAA2002 SGK269 MC3 DC1 CC-NE NR NR 
78986 DUSP26 MKP8 MC3 DC7 CC3 NR NR 
4641 MYO1C NMI MC6 DC4 CC8 NR Cytoskeleton 
5289 PIK3C3 Vps34 MC4 DC6 CC5 NR NR 
5310 PKD1 PBP MC-NE DC7 CC1 FAC, channel FAC, adhesion 
5881 RAC3 RAC3 MC3 DC5 CC1  Cytoskeleton 
6093 ROCK1 P160ROCK MC3 DC6 CC5 FACA, S/T kinase Cytoskeleton, adhesion, migration 
6198 RPS6KB1 p70(S6K)-α MC4 DC7 CC-NE NR NR 
7077 TIMP2 CSC-21K MC6 DC6 CC-NE NR NR 
8491 MAP4K3 GLK MC-NE DC6 CC8 NR NR 
81629 TSSK3 STK22C MC4 DC6 CC1 NR NR 
8440 NCK2 NCKβ MC5 DC5 CC1 FAC, adapter Cytoskeleton 
1956 EGFR ERBB1 MC1 DC2 CC6 NR Adhesion, migration 
4637 MYL6 ESMLC MC3 DC8 CC8 NR Cytoskeleton 
657 BMPR1A ALK3 MC4 DC7 CC8 NR NR 
1844 DUSP2 PAC1 MC6 DC-NE CC-NE NR NR 
2534 FYN SYN MC3 DC1 CC-NE FACA, Tyr kinase NR 
5526 PPP2R5B PR61B MC-NE DC3 CC7 NR NR 
26191 PTPN22 LYP MC2 DC7 CC-NE NR NR 
858 CAV2 CAV MC1 DC-NE CC-NE NR NR 
3480 IGF1R CD221 MC-NE DC7 CC8 NR Migration 
6251 RSU1 RSP-1 MC4 DC7 CC1 NR Adhesion 
7094 TLN1 TLN MC6 DC7 CC7 FAC, cytoskeletal FAC, adhesion, migration 
9641 IKBKE IKKE MC2 DC-NE CC5 NR NR 
5218 PFTK1 PFTAIRE1 MC4 DC4 CC1 NR NR 

The list includes the validated siRNA hits and their “cluster assignment,” based on the screen results. The standard gene symbol is indicated alongside one commonly used alias (from Entrez gene database, National Center for Biotechnology Information). The genes belonging to the adhesome are indicated, together with the family type. The gene ontology (GO) column summarizes the relevance to adhesion, cytoskeleton, FA structure, and cell migration, according to GO annotations (supported by experimental evidence). NR, not relevant, meaning that the particular gene is not listed in the adhesome or does not have GO annotations related to FA, cytoskeleton, adhesion, or migration.

or Create an Account

Close Modal
Close Modal