Table S1.
T cell epitopes
IDPositionSequenceTested HLAActual HLA restrictionELISpot response rate (%)Intracellular stainingTetramer staining
12-d stimulationEx vivoa
MRC-5 
UL83495–503 495–503 NLVPMVATVb A*02:01 A*02:01 21/28 (75.0) 100.0 CD8 Positive 
US874–82 74–82 GVLDAVWRV A*02:01 A*02:01 13/18 (72.2) 50.0 CD8 Positive 
UL150A152–161 152–161 ALWDVALLEV A*02:01 A*02:01 10/14 (71.4) 25.0 CD8 Positive 
UL100200–208 200–208 TLIVNLVEV A*02:01 A*02:01 11/20 (55.0) 25.0 CD8 Positive 
UL44259–267 259–267 GLFAVENFL A*02:01 DR 7/13 (53.9) 0.0 CD4 nt 
UL7140–48 40–48 FLDENFKQL A*02:01 DR 10/21 (47.6) 37.5 CD4 Negative 
UL105431–439 431–439 RLFDLPVYC A*02:01  5/12 (41.7) nt nt nt 
UL147A2–10 2–10 SLFYRAVAL A*02:01  5/13 (38.5) 12.5 nt nt 
UL29175–183 175–183 RLQPNVPLV A*02:01  6/18 (33.3) 0.0 nt nt 
US16134–144 134–144 GLLAHIPALGV A*02:01  6/22 (27.3) 0.0 nt nt 
US29293–301 293–301 ALSPSTSKV A*02:01  4/17 (23.5) nt nt nt 
UL29344–352 344–352 SLYEANPEL A*02:01  4/17 (23.5) nt nt nt 
UL86146–154 146–154 TILDKILNV A*02:01  4/20 (20.0) nt nt nt 
US16186–194 186–194 TLINGVWVV A*02:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
US16134–142 134–142 GLLAHIPAL A*02:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
UL48132–141 132–141 ALYPEYIYTV A*02:01  3/18 (16.7) nt nt nt 
UL47766–744 766–774 GLNERLLSV A*02:01  3/20 (15.0) nt nt nt 
UL34130–138 130–138 ALFNQLVFTA A*02:01  2/15 (13.3) nt nt nt 
UL56124–132 124–132 FTDNVRFSV A*02:01  1/13 (7.8) nt nt nt 
UL128145–153 145–153 GLDQYLESV A*02:01  1/13 (7.8) nt nt nt 
UL84133–141 133–141 ALLGRLYFI A*02:01  1/15 (6.7) nt nt nt 
UL496–104 96–104 NYNEQHYRY A*29:02  5/13 (38.5) nt nt nt 
US27276–284 276–284 LYVGQFLAY A*29:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL488–97 88–97 SFFPKLQGNY A*29:02  2/9 (22.2) nt nt nt 
UL489–97 89–97 FFPKLQGNY A*29:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL16162–170 162–170 YPRPPGSGLc B*07:02 B*07:02 19/22 (86.4) 25.0 Negative Positive 
UL83417–426 417–426 TPRVTGGGAMd B*07:02 B*07:02 31/38 (81.6) 100.0 CD8 Positive 
TRS1166–174 166–174 SPRDAWIVL B*07:02 B*07:02 15/22 (68.2) 20.0 CD8 Positive 
UL52349–357 349–357 SPSRDRFVQL B*07:02 B*07:02 14/21 (66.7) 33.3 Negative Positive 
UL2322–30 22–30 RPWKPGQRV B*07:02 B*07:02 15/28 (53.6) 66.7 CD8 Positive 
UL4676–84 76–84 SPRHLYISL B*07:02 B*07:02 11/22 (50.0) 0.0 CD4/CD8 Positive 
UL38225–235 225–235 IPMTFVDRDSL B*07:02  5/14 (35.7) nt nt nt 
US30313–321 313–321 RPFPSTHQL B*07:02  4/13 (30.8) 0.0 nt nt 
UL8349–57 49–57 RVSQPSLIL B*07:02  4/15 (26.7) nt nt nt 
UL34180–188 180–188 LPHERHREL B*07:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL82245–254 245–254 SPHPPTSVFL B*07:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL27485–493 485–493 IPDYRSVSL B*07:02  4/18 (22.2) nt nt nt 
UL31310–317 310–317 APFGRVSV B*07:02  3/15 (20.0) nt nt nt 
TRS1/IRS192–99 92–99 IPVERQAL B*07:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL98135–143 135–143 APNYRQVEL B*07:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL40210–218 210–218 LPNDHHYAL B*07:02  1/17 (5.9) nt nt nt 
US1282–89 82–89 APYLRDTL B*07:02  1/19 (5.3) nt nt nt 
UL112/UL113125–134 125–134 SENGNLQVTY B*44:02 B*44:02 26/31 (83.9) 62.5 CD8 Positive 
UL117358–366 358–366 HETGVYQMW B*44:02 B*44:02 17/26 (65.4) 62.5 CD8 Positive 
UL1724–32 24–32 DEQVSKRSW B*44:02 B*44:02 11/24 (45.8) 12.5 CD8 Positive 
TRL12402–410 402–410 SESEFIVRY B*44:02 B*44:02 8/20 (40.0) 37.5 CD8 Positive 
UL147A51–59 51–59 EEQDYRALL B*44:02  4/12 (33.3) nt nt nt 
UL78150–158 150–158 RENAGVALY B*44:02  4/21 (19.1) nt nt nt 
US2171–80 71–80 AEPNFPKNVW B*44:02  2/14 (14.3) nt nt nt 
TRS1/IRS1276–285 276–285 EEATALGREL B*44:02  1/10 (10.0) nt nt nt 
US11103–111 103–111 SESLVAKRY B*44:02  1/10 (10.0) nt nt nt 
UL54755–763 755–763 LENGVTHRF B*44:02  1/14 (7.1) nt nt nt 
US2272–81 72–81 REQAAIPQIY B*44:02  1/16 (6.3) nt nt nt 
UL57640–648 640–648 FVDDEALGF C*05:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
HF–99/7 
UL105715–723 715–723 YADPFFLKYe A*01:01 A*01:01 15/15 (100.0) 90.9 CD8 Positive 
UL44245–253 245–253 VTEHDTLLYc A*01:01 A*01:01 13/14 (92.9) 100.0 CD8 Positive 
UL69569–578 569–578 RTDPATLTAY A*01:01 A*01:01 19/23 (82.6) 66.7 CD8 Positive 
US28122–130 122–130 ITEIALDRY A*01:01 A*01:01 14/24 (58.3) 14.3 CD8 Positive 
UL55657–665 657–666 NTDFRVLELY A*01:01 A*01:01 9/16 (56.3) 0.0 CD8 Positive 
UL3682–91 82–91 FVEGPGFMRY A*01:01  5/14 (35.7)  nt nt 
UL148282–290 282–290 SLDRFIVQY A*01:01 DR 5/14 (35.7)  CD4 nt 
UL25370–379 370–379 YTSRGALYLY A*01:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL861346–1354 1,346–1,354 TSETHFGNY A*01:01  3/15 (20.0)  nt nt 
US3492–101 92–101 GSDALPAGLY A*01:01  3/16 (18.8)  nt nt 
UL481607–1617 1,607–1,617 VTDYGNVAFKY A*01:01  3/16 (18.8)  nt nt 
IRS1/TRS1464–474 464–474 LLDELGAVFGY A*01:01  2/13 (15.4)  nt nt 
UL112/UL113124–134 124–134 ISENGNLQVTY A*01:01  3/20 (15.0)  nt nt 
UL105616–624 916–924 VTDPEHLMM A*01:01  2/14 (14.3)  nt nt 
UL105360–369 360–369 DLDFGDLLKY A*01:01  2/16 (12.5)  nt nt 
UL78222–232 222–232 YSDRRDHVWSY A*01:01  1/16 (6.3)  nt nt 
UL77228–236 228–236 GLYTQPRWK A*03:01 A*03:01 16/21 (76.2) 50.0 CD8 Positive 
UL57790–798 790–798 RVKNRPIYR A*03:01 A*03:01 14/23 (60.9) 33.3 CD8 Positive 
UL3651–60 51–60 RSALGPFVGK A*03:01 A*03:01 6/15 (40.0)  CD8 Positive 
UL123184–192 184–192 KLGGALQAKf A*03:01  6/15 (40.0)  nt nt 
US33A13–21 13–21 KLGYRPHAK A*03:01 A*03:01 11/29 (37.9)  CD8 Positive 
US24136–145 136–145 RVYAYDTREK A*03:01  4/11 (36.4)  nt nt 
UL25580–588 580–588 GVSSVTLLK A*03:01  5/14 (35.7)  nt nt 
UL843–11 3–11 RVDPNLRNR A*03:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL70698–706 698–706 SVRLPYMYK A*03:01  4/16 (25.0)  nt nt 
UL79237–245 237–245 RTFAGTLSR A*03:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL571044–1052 1,044–1,052 RLADVLIKR A*03:01  2/13 (15.4)  nt nt 
UL70697–706 697–706 RSVRLPYMYK A*03:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL122113–121 113–121 SVSSAPLNK A*03:01  1/14 (7.1)  nt nt 
UL34180–188 180–188 LPHERHREL B*08:01 B*08:01 20/22 (90.9) 85.7 CD8 Positive 
UL2661–69 61–69 LPYPRGYTL B*08:01 B*08:01/ B*51:01 11/16 (68.8) 16.7 CD8 Positive 
UL13465–473 465–473 YLVRRPMTI B*08:01 B*08:01 11/22 (50.0) 33.3 Negative Positive 
UL36199–207 199–207 VMKFKETSF B*08:01  5/13 (38.5)  nt nt 
UL84239–247 239–247 TPLLKRLPL B*08:01  4/14 (28.6)  nt nt 
UL40170–178 170–178 HLKLRPATF B*08:01  3/13 (23.1)  nt nt 
UL84500–507 500–507 FISSKHTL B*08:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL147A2–10 2–10 SLFYRAVAL B*08:01  4/22 (18.2)  nt nt 
UL4426–34 26–34 QLRSVIRAL B*08:01  2/14 (14.3)  nt nt 
UL1481–8 1–8 MLRLLFTL B*08:01  1/14 (7.1)  nt nt 
UL83116–123 116–123 LPLKMLNIg B*51:01 B*51:01 12/15 (80.0) 87.5 CD8 Positive 
UL38156–164 156–164 FPVEVRSHV B*51:01 B*51:01 15/23 (65.2) 0.0 CD8 Positive 
UL2661–69 61–69 LPYPRGYTL B*51:01 B*08:01/B*51:01 10/16 (62.5) 33.3 CD8 Positive 
UL56503–511 503–511 DARSRIHNV B*51:01 B*51:01 8/15 (53.3)  CD8 Positive 
UL71330–338 330–338 IPPPQIPFV B*51:01  6/15 (40.0)  nt nt 
US28158–166 158–166 IAIPHFMVV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
US2365–73 65–73 IPHNWFLQV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL33162–170 162–170 VPAAVYTTV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL1466–74 66–74 FPAHDWPEV B*51:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL122449–457 449–457 MPVTHPPEV B*51:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL75540–549 540–549 FPDATVPATV B*51:01  1/15 (6.7)  nt nt 
UL481322–1331 1,322–1,331 LPYLSAERTV B*51:01  1/15 (6.7)  nt nt 
UL78335–343 335–343 KRAMYSVEL C*07:01  2/15 (13.3)  nt nt 
IDPositionSequenceTested HLAActual HLA restrictionELISpot response rate (%)Intracellular stainingTetramer staining
12-d stimulationEx vivoa
MRC-5 
UL83495–503 495–503 NLVPMVATVb A*02:01 A*02:01 21/28 (75.0) 100.0 CD8 Positive 
US874–82 74–82 GVLDAVWRV A*02:01 A*02:01 13/18 (72.2) 50.0 CD8 Positive 
UL150A152–161 152–161 ALWDVALLEV A*02:01 A*02:01 10/14 (71.4) 25.0 CD8 Positive 
UL100200–208 200–208 TLIVNLVEV A*02:01 A*02:01 11/20 (55.0) 25.0 CD8 Positive 
UL44259–267 259–267 GLFAVENFL A*02:01 DR 7/13 (53.9) 0.0 CD4 nt 
UL7140–48 40–48 FLDENFKQL A*02:01 DR 10/21 (47.6) 37.5 CD4 Negative 
UL105431–439 431–439 RLFDLPVYC A*02:01  5/12 (41.7) nt nt nt 
UL147A2–10 2–10 SLFYRAVAL A*02:01  5/13 (38.5) 12.5 nt nt 
UL29175–183 175–183 RLQPNVPLV A*02:01  6/18 (33.3) 0.0 nt nt 
US16134–144 134–144 GLLAHIPALGV A*02:01  6/22 (27.3) 0.0 nt nt 
US29293–301 293–301 ALSPSTSKV A*02:01  4/17 (23.5) nt nt nt 
UL29344–352 344–352 SLYEANPEL A*02:01  4/17 (23.5) nt nt nt 
UL86146–154 146–154 TILDKILNV A*02:01  4/20 (20.0) nt nt nt 
US16186–194 186–194 TLINGVWVV A*02:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
US16134–142 134–142 GLLAHIPAL A*02:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
UL48132–141 132–141 ALYPEYIYTV A*02:01  3/18 (16.7) nt nt nt 
UL47766–744 766–774 GLNERLLSV A*02:01  3/20 (15.0) nt nt nt 
UL34130–138 130–138 ALFNQLVFTA A*02:01  2/15 (13.3) nt nt nt 
UL56124–132 124–132 FTDNVRFSV A*02:01  1/13 (7.8) nt nt nt 
UL128145–153 145–153 GLDQYLESV A*02:01  1/13 (7.8) nt nt nt 
UL84133–141 133–141 ALLGRLYFI A*02:01  1/15 (6.7) nt nt nt 
UL496–104 96–104 NYNEQHYRY A*29:02  5/13 (38.5) nt nt nt 
US27276–284 276–284 LYVGQFLAY A*29:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL488–97 88–97 SFFPKLQGNY A*29:02  2/9 (22.2) nt nt nt 
UL489–97 89–97 FFPKLQGNY A*29:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL16162–170 162–170 YPRPPGSGLc B*07:02 B*07:02 19/22 (86.4) 25.0 Negative Positive 
UL83417–426 417–426 TPRVTGGGAMd B*07:02 B*07:02 31/38 (81.6) 100.0 CD8 Positive 
TRS1166–174 166–174 SPRDAWIVL B*07:02 B*07:02 15/22 (68.2) 20.0 CD8 Positive 
UL52349–357 349–357 SPSRDRFVQL B*07:02 B*07:02 14/21 (66.7) 33.3 Negative Positive 
UL2322–30 22–30 RPWKPGQRV B*07:02 B*07:02 15/28 (53.6) 66.7 CD8 Positive 
UL4676–84 76–84 SPRHLYISL B*07:02 B*07:02 11/22 (50.0) 0.0 CD4/CD8 Positive 
UL38225–235 225–235 IPMTFVDRDSL B*07:02  5/14 (35.7) nt nt nt 
US30313–321 313–321 RPFPSTHQL B*07:02  4/13 (30.8) 0.0 nt nt 
UL8349–57 49–57 RVSQPSLIL B*07:02  4/15 (26.7) nt nt nt 
UL34180–188 180–188 LPHERHREL B*07:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL82245–254 245–254 SPHPPTSVFL B*07:02  3/12 (25.0) nt nt nt 
UL27485–493 485–493 IPDYRSVSL B*07:02  4/18 (22.2) nt nt nt 
UL31310–317 310–317 APFGRVSV B*07:02  3/15 (20.0) nt nt nt 
TRS1/IRS192–99 92–99 IPVERQAL B*07:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL98135–143 135–143 APNYRQVEL B*07:02  2/12 (16.7) nt nt nt 
UL40210–218 210–218 LPNDHHYAL B*07:02  1/17 (5.9) nt nt nt 
US1282–89 82–89 APYLRDTL B*07:02  1/19 (5.3) nt nt nt 
UL112/UL113125–134 125–134 SENGNLQVTY B*44:02 B*44:02 26/31 (83.9) 62.5 CD8 Positive 
UL117358–366 358–366 HETGVYQMW B*44:02 B*44:02 17/26 (65.4) 62.5 CD8 Positive 
UL1724–32 24–32 DEQVSKRSW B*44:02 B*44:02 11/24 (45.8) 12.5 CD8 Positive 
TRL12402–410 402–410 SESEFIVRY B*44:02 B*44:02 8/20 (40.0) 37.5 CD8 Positive 
UL147A51–59 51–59 EEQDYRALL B*44:02  4/12 (33.3) nt nt nt 
UL78150–158 150–158 RENAGVALY B*44:02  4/21 (19.1) nt nt nt 
US2171–80 71–80 AEPNFPKNVW B*44:02  2/14 (14.3) nt nt nt 
TRS1/IRS1276–285 276–285 EEATALGREL B*44:02  1/10 (10.0) nt nt nt 
US11103–111 103–111 SESLVAKRY B*44:02  1/10 (10.0) nt nt nt 
UL54755–763 755–763 LENGVTHRF B*44:02  1/14 (7.1) nt nt nt 
US2272–81 72–81 REQAAIPQIY B*44:02  1/16 (6.3) nt nt nt 
UL57640–648 640–648 FVDDEALGF C*05:01  2/11 (18.2) nt nt nt 
HF–99/7 
UL105715–723 715–723 YADPFFLKYe A*01:01 A*01:01 15/15 (100.0) 90.9 CD8 Positive 
UL44245–253 245–253 VTEHDTLLYc A*01:01 A*01:01 13/14 (92.9) 100.0 CD8 Positive 
UL69569–578 569–578 RTDPATLTAY A*01:01 A*01:01 19/23 (82.6) 66.7 CD8 Positive 
US28122–130 122–130 ITEIALDRY A*01:01 A*01:01 14/24 (58.3) 14.3 CD8 Positive 
UL55657–665 657–666 NTDFRVLELY A*01:01 A*01:01 9/16 (56.3) 0.0 CD8 Positive 
UL3682–91 82–91 FVEGPGFMRY A*01:01  5/14 (35.7)  nt nt 
UL148282–290 282–290 SLDRFIVQY A*01:01 DR 5/14 (35.7)  CD4 nt 
UL25370–379 370–379 YTSRGALYLY A*01:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL861346–1354 1,346–1,354 TSETHFGNY A*01:01  3/15 (20.0)  nt nt 
US3492–101 92–101 GSDALPAGLY A*01:01  3/16 (18.8)  nt nt 
UL481607–1617 1,607–1,617 VTDYGNVAFKY A*01:01  3/16 (18.8)  nt nt 
IRS1/TRS1464–474 464–474 LLDELGAVFGY A*01:01  2/13 (15.4)  nt nt 
UL112/UL113124–134 124–134 ISENGNLQVTY A*01:01  3/20 (15.0)  nt nt 
UL105616–624 916–924 VTDPEHLMM A*01:01  2/14 (14.3)  nt nt 
UL105360–369 360–369 DLDFGDLLKY A*01:01  2/16 (12.5)  nt nt 
UL78222–232 222–232 YSDRRDHVWSY A*01:01  1/16 (6.3)  nt nt 
UL77228–236 228–236 GLYTQPRWK A*03:01 A*03:01 16/21 (76.2) 50.0 CD8 Positive 
UL57790–798 790–798 RVKNRPIYR A*03:01 A*03:01 14/23 (60.9) 33.3 CD8 Positive 
UL3651–60 51–60 RSALGPFVGK A*03:01 A*03:01 6/15 (40.0)  CD8 Positive 
UL123184–192 184–192 KLGGALQAKf A*03:01  6/15 (40.0)  nt nt 
US33A13–21 13–21 KLGYRPHAK A*03:01 A*03:01 11/29 (37.9)  CD8 Positive 
US24136–145 136–145 RVYAYDTREK A*03:01  4/11 (36.4)  nt nt 
UL25580–588 580–588 GVSSVTLLK A*03:01  5/14 (35.7)  nt nt 
UL843–11 3–11 RVDPNLRNR A*03:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL70698–706 698–706 SVRLPYMYK A*03:01  4/16 (25.0)  nt nt 
UL79237–245 237–245 RTFAGTLSR A*03:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL571044–1052 1,044–1,052 RLADVLIKR A*03:01  2/13 (15.4)  nt nt 
UL70697–706 697–706 RSVRLPYMYK A*03:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL122113–121 113–121 SVSSAPLNK A*03:01  1/14 (7.1)  nt nt 
UL34180–188 180–188 LPHERHREL B*08:01 B*08:01 20/22 (90.9) 85.7 CD8 Positive 
UL2661–69 61–69 LPYPRGYTL B*08:01 B*08:01/ B*51:01 11/16 (68.8) 16.7 CD8 Positive 
UL13465–473 465–473 YLVRRPMTI B*08:01 B*08:01 11/22 (50.0) 33.3 Negative Positive 
UL36199–207 199–207 VMKFKETSF B*08:01  5/13 (38.5)  nt nt 
UL84239–247 239–247 TPLLKRLPL B*08:01  4/14 (28.6)  nt nt 
UL40170–178 170–178 HLKLRPATF B*08:01  3/13 (23.1)  nt nt 
UL84500–507 500–507 FISSKHTL B*08:01  3/14 (21.4)  nt nt 
UL147A2–10 2–10 SLFYRAVAL B*08:01  4/22 (18.2)  nt nt 
UL4426–34 26–34 QLRSVIRAL B*08:01  2/14 (14.3)  nt nt 
UL1481–8 1–8 MLRLLFTL B*08:01  1/14 (7.1)  nt nt 
UL83116–123 116–123 LPLKMLNIg B*51:01 B*51:01 12/15 (80.0) 87.5 CD8 Positive 
UL38156–164 156–164 FPVEVRSHV B*51:01 B*51:01 15/23 (65.2) 0.0 CD8 Positive 
UL2661–69 61–69 LPYPRGYTL B*51:01 B*08:01/B*51:01 10/16 (62.5) 33.3 CD8 Positive 
UL56503–511 503–511 DARSRIHNV B*51:01 B*51:01 8/15 (53.3)  CD8 Positive 
UL71330–338 330–338 IPPPQIPFV B*51:01  6/15 (40.0)  nt nt 
US28158–166 158–166 IAIPHFMVV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
US2365–73 65–73 IPHNWFLQV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL33162–170 162–170 VPAAVYTTV B*51:01  5/15 (33.3)  nt nt 
UL1466–74 66–74 FPAHDWPEV B*51:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL122449–457 449–457 MPVTHPPEV B*51:01  2/15 (13.3)  nt nt 
UL75540–549 540–549 FPDATVPATV B*51:01  1/15 (6.7)  nt nt 
UL481322–1331 1,322–1,331 LPYLSAERTV B*51:01  1/15 (6.7)  nt nt 
UL78335–343 335–343 KRAMYSVEL C*07:01  2/15 (13.3)  nt nt 

nt, not tested.

a

Ex vivo ELISpot assays were performed using donors that were positively tested in ELISpot assays with prior 12 d stimulation.

b

Diamond et al. (1997).

c

Elkington et al. (2003).

d

Weekes et al. (1999).

e

Kim et al. (2011).

f

Braendstrup et al. (2014).

g

Nastke et al. (2005).

or Create an Account

Close Modal
Close Modal