Table 3.
Rate constants used in each experiment.
Independent and combined effects of alternating-access rates and substrate off-rates on transport outcomeSimulating the 10-state modelUnderstanding the effects of ΔpH on Transport in the 8- and 10-state modelsUnderstanding how drug-induced rate constants may drive antiport vs. symport
Parameter (Unit)Fig. 7 A Fig. 7 B Fig. 7 C Fig. 8 Fig. 9 (8-state)Fig. 9 (10-state)Fig. 10 A Fig. 10 B 
k1 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k2 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 63.1 63.1 63.1 1,000 
k3 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k4 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 63.1 63.1 63.1 1,000 
k5 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k6 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1,584 1584 6.3 × 10−5–6.3 × 107a 0.001–1 × 109* 
k7 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k8 (s−1) 1,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 1,584 1584 6.3 × 10−5–6.3 × 107a 0.001–1 × 109* 
k9 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k10 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.631 0.631 0.01–10,000 0.01–10,000 
k11 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k12 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.631 0.631 0.01–10,000 0.01–10,000 
k13 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k14 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 10 10 0.01–10,000 0.01–10,000 
k15 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k16 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 10 10 0.01–10,000 0.01–10,000 
k17 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 100 100 100 100 
k18 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 100 100 100 100 
k19 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 40 40 40 40 
k20 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 40 40 40 40 
k21 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 7.3 7.3 1–100 1–100 
k22 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 7.3 7.3 1–100 1–100 
k23 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 8.9 8.9 1–100 1–100 
k24 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 8.9 8.9 1–100 1–100 
k25 (s−1)    1  220 220 220 
k26 (s−1)    1  220 220 220 
k27 (M−1 s−1)    1 × 1010  1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k28 (s−1)    10, 100, 316.2, 1,000, 100,000, 1,000,000  1,000 1,000 100,000 
k29 (M−1 s−1)    1 × 1010  1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k30 (s−1)    10, 100, 316.2, 1,000, 100,000, 1,000,000  1,000 1,000 100,000 
Independent and combined effects of alternating-access rates and substrate off-rates on transport outcomeSimulating the 10-state modelUnderstanding the effects of ΔpH on Transport in the 8- and 10-state modelsUnderstanding how drug-induced rate constants may drive antiport vs. symport
Parameter (Unit)Fig. 7 A Fig. 7 B Fig. 7 C Fig. 8 Fig. 9 (8-state)Fig. 9 (10-state)Fig. 10 A Fig. 10 B 
k1 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k2 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 63.1 63.1 63.1 1,000 
k3 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k4 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 63.1 63.1 63.1 1,000 
k5 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k6 (s−1) 1,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1–1,000,000 1,584 1584 6.3 × 10−5–6.3 × 107a 0.001–1 × 109* 
k7 (M−1 s−1) 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k8 (s−1) 1,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 1,584 1584 6.3 × 10−5–6.3 × 107a 0.001–1 × 109* 
k9 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k10 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.631 0.631 0.01–10,000 0.01–10,000 
k11 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k12 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 0.631 0.631 0.01–10,000 0.01–10,000 
k13 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k14 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 10 10 0.01–10,000 0.01–10,000 
k15 (M−1 s−1) 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 1 × 107 
k16 (s−1) 1 0.01–10,000 0.01–10,000 0.01–10,000 10 10 0.01–10,000 0.01–10,000 
k17 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 100 100 100 100 
k18 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 100 100 100 100 
k19 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 40 40 40 40 
k20 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 40 40 40 40 
k21 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 7.3 7.3 1–100 1–100 
k22 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 7.3 7.3 1–100 1–100 
k23 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 8.9 8.9 1–100 1–100 
k24 (s−1) 1–100 1, 10, 100 1, 2, 3, 4, 5 1 8.9 8.9 1–100 1–100 
k25 (s−1)    1  220 220 220 
k26 (s−1)    1  220 220 220 
k27 (M−1 s−1)    1 × 1010  1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k28 (s−1)    10, 100, 316.2, 1,000, 100,000, 1,000,000  1,000 1,000 100,000 
k29 (M−1 s−1)    1 × 1010  1 × 1010 1 × 1010 1 × 1010 
k30 (s−1)    10, 100, 316.2, 1,000, 100,000, 1,000,000  1,000 1,000 100,000 
a

This number is solved to complete the thermodynamic cycle. These pKa values range from 1 to 14.2.

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal