Table 1.

Summary of Hill and MWC model fits

Mutanta Hill fit pH sensor site 1 H25 pH sensor site 2 E118 Lo (±) 
 pH1/2 (±) nH (±) pKa1closed (±) pKa1open (±) pKa2closed (±) pKa2open (±)  
E71Ab (control channel) 5.3 (0.01) 4.4 (0.1) 4.8 (N/A)c 7.6 5.0 6.2 2.5 × 10−12 (0.3 × 10−12) 
H25Rb 5.29 (0.02) 1.9 (0.01) — — 5.0 (0.1) 6.2 (0.1) 7 × 10−4 (4 × 10−4) 
H25R/E120A 6.3 (0.04) 1.3 (0.1) — — 5.0 (0.1) 6.2 (0.1) 0.08 (0.02) 
E118A 5.54 (0.03) 4.5 (2.8) 4.8 7.6 — — 1.1 × 10−8 (0.1 × 10−8) 
E118Q/E120Qb 5.5 (0.004) 4.4 (1.2) 4.8 7.6 — — 8.1 × 10−9 (0.5 × 10−9) 
E118A/E120Ab 6.6 (0.003) 5.8 (0.1) 4.8 7.6 — — 1.5 × 10−4 (0.4 × 10−4) 
H25R/E118A — — — — — — 52 (11) 
E120A 5.3 (0.006) 3.4 (0.1) 4.8 7.6 5.0 6.2 2.5 × 10−12 (1.2 × 10−12) 
H25R/E118A/E120Abd — — — — 4.7 6.5 3.3 (0.7) 
H25R/E118Q/E120Qbd 6.3 (0.04) 2.5 (0.5) — — 4.7 6.5 0.021 (0.004) 
H25A/E118A/E120Abd 6.3 (0.01) 2.6 (0.1) — — 4.7 6.5 0.014 (0.002) 
R121A (model fit 1) 5.8 (0.01) 4.0 (0.2) 4.8 7.6 5.0 6.2 1.3 × 10−9 (0.3 × 10−9) 
R121A (model fit 2) — — 6.6 7.6 5.0 7.7 1.0 × 10−11 (0.1 × 10−11) 
R122A (model fit 1) 5.6 (0.01) 6.9 (0.7) 4.8 7.6 5.0 6.2 3.8 × 10−11 (0.6 × 10−11) 
R122A (model fit 2) — — 6 7.6 5.0 6.2 4 × 10−9 (10−9) 
E118A/R121A (not modeled) 6.0 (0.2) 0.6 (0.2) — — — — — 
E118A/R122A (not modeled) 6.6 (0.09) 1.3 (0.4) — — — — — 
E120A/R122A 5.7 (0.02) 2.1 (0.2) 6 6.5 4.5 5.5 4.2 × 10−3 (0.3 × 10−3) 
Mutanta Hill fit pH sensor site 1 H25 pH sensor site 2 E118 Lo (±) 
 pH1/2 (±) nH (±) pKa1closed (±) pKa1open (±) pKa2closed (±) pKa2open (±)  
E71Ab (control channel) 5.3 (0.01) 4.4 (0.1) 4.8 (N/A)c 7.6 5.0 6.2 2.5 × 10−12 (0.3 × 10−12) 
H25Rb 5.29 (0.02) 1.9 (0.01) — — 5.0 (0.1) 6.2 (0.1) 7 × 10−4 (4 × 10−4) 
H25R/E120A 6.3 (0.04) 1.3 (0.1) — — 5.0 (0.1) 6.2 (0.1) 0.08 (0.02) 
E118A 5.54 (0.03) 4.5 (2.8) 4.8 7.6 — — 1.1 × 10−8 (0.1 × 10−8) 
E118Q/E120Qb 5.5 (0.004) 4.4 (1.2) 4.8 7.6 — — 8.1 × 10−9 (0.5 × 10−9) 
E118A/E120Ab 6.6 (0.003) 5.8 (0.1) 4.8 7.6 — — 1.5 × 10−4 (0.4 × 10−4) 
H25R/E118A — — — — — — 52 (11) 
E120A 5.3 (0.006) 3.4 (0.1) 4.8 7.6 5.0 6.2 2.5 × 10−12 (1.2 × 10−12) 
H25R/E118A/E120Abd — — — — 4.7 6.5 3.3 (0.7) 
H25R/E118Q/E120Qbd 6.3 (0.04) 2.5 (0.5) — — 4.7 6.5 0.021 (0.004) 
H25A/E118A/E120Abd 6.3 (0.01) 2.6 (0.1) — — 4.7 6.5 0.014 (0.002) 
R121A (model fit 1) 5.8 (0.01) 4.0 (0.2) 4.8 7.6 5.0 6.2 1.3 × 10−9 (0.3 × 10−9) 
R121A (model fit 2) — — 6.6 7.6 5.0 7.7 1.0 × 10−11 (0.1 × 10−11) 
R122A (model fit 1) 5.6 (0.01) 6.9 (0.7) 4.8 7.6 5.0 6.2 3.8 × 10−11 (0.6 × 10−11) 
R122A (model fit 2) — — 6 7.6 5.0 6.2 4 × 10−9 (10−9) 
E118A/R121A (not modeled) 6.0 (0.2) 0.6 (0.2) — — — — — 
E118A/R122A (not modeled) 6.6 (0.09) 1.3 (0.4) — — — — — 
E120A/R122A 5.7 (0.02) 2.1 (0.2) 6 6.5 4.5 5.5 4.2 × 10−3 (0.3 × 10−3) 

Values in parentheses are the standard error of fit.

a

All mutants on the background of E71A.

b

Data and Hill fits from Thompson et al. (2008).

c

Not applicable; no error given means the parameter was constrained (see Materials and methods).

d

Modeled as an unidentified residual pH sensor.

[ViewLarge]
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal