Table 1.
Current company-run clinical trials of microbial APIs administered to the gastrointestinal tract stratified by API type as posted on ClinicalTrials.gov
CompanyStrain (engineered function)API IDDiseasePh.Trial ID (start year, status)Dose (CFU)Freq.Len.Form.
Engineered microorganisms 
 Adhera Escherichia coli (β-catenin shRNA delivery) CEQ508 FAP START-FAP (2010, comp.) 108–109 1/d 28 d 
 Synlogic E. coli (NH3 scavenging) SYNB1020 UCD NCT03179878 (2017, comp.) 2 × 109–2 × 1012 1–3/d 1–14 d Susp. 
Cirrhosis 1/2 NCT03447730 (2018, rec.) 5 × 1011 3/d 6 d 
E. coli (Phe scavenging) SYNB1618 PKU 1/2 NCT03516487 (2018, rec.) 1010–5 × 1011 3/d 1–7 d 
 ActoBio Lactococcus lactis (proinsulin and IL-10 secretion) AG019/tep T1D 1/2 NCT03751007 (2018, rec.) 2–6 cap. 1/d 1 d–8 wk Cap. 
 Oragenics L. lactis (hTFF1 secretion) AG013 OM NCT00938080 (2009, comp.) 2 × 1011–1.2 × 1012 1–6/d 14 d Susp. 
NCT03234465 (2017, rec.) 2 × 1011 3/d 7–9 wk 
Single defined microorganisms 
 Osel Clostridium butyricum CBM588 CDI NCT01077245 (2010, with.) 2 g 2/d 42 d Gran. 
 IBT Lactobacillus reuteri IBP-9414 NEC NCT02472769 (2015, comp.) 108–109 1/d 14 d Susp. 
 Evelo Commensal strain EDP1815 Psoriasis and eczema NCT03733353 (2018, rec.) 55 mg–2.76 g 1/d 15 d Cap. 
EDP1066 NCT03542994 (2018, rec.) 66 mg–3.3 g 1/d 15 d 
EDP1503/pem CRC, TNBC, ICI relapse 1/2 NCT03775850 (2018, rec.) 7.5 × 1010 2/d 14 d 
Melanoma NCT03595683 (2018, rec.) 7.5 × 1010 2/d 14 d 
 4D Pharma Bacteroides thetaiotaomicron Thetanix CD NCT02704728 (2016, comp.) 3 cap. 2/d 7.5 d Cap. 
Enterococcus gallinarum MRx0518/pem Solid tumor 1/2 NCT03637803 (2018, rec.) 1 cap. 2/d 2 yr 
Blautia hydrogenotrophica Blautix IBS NCT03721107 (2018, rec.) >1010 (2 cap.) 2/d 8 wk 
Bifidobacterium breve MRx0004 Asthma 1/2 NCT03851250 (2019, n.rec.) 109–1010 (2 cap.) 2/d 12 wk 
Multiple defined microorganisms 
 Leadiant Lactobacillus acidophilus and Bifidobacterium lactis STP-206 NEC NCT00922324 (2009, comp.) 1/d 1–7 d 
1/2 NCT01954017 (2013, com.) 1/d 2–11 wk 
 Seres Firmicute spores SER-262 CDI NCT02830542 (2016, active) 104–108 1/d 1 d C.susp. 
 Vedanta Eight strains VE303 CDI NCT03788434 (2018, rec.) 2–10 cps 1/d 14 d Cap. 
 Siolta Consortium STMC-103H IgE-AD NCT03819881 (2019, rec.) 2/d 28 d 
 NuBiyota ∼30 commensal strains MET-2 CDI NCT02865616 (2016, rec.) 1.5–10 g (3–20 cap.) 1/d 2–10 d Cap. 
UC NCT03832400 (2019, rec.) 1/d 4–14 d 
MET-3 Obesity e1 NCT03660748 (2018, rec.) 
MET-4 LA-OPSCC NCT03838601 (2019, n.rec.) 2 d–4 wk 
MET-4/ICI Solid tumor e1 NCT03686202 (2018, rec.) 1/d >2 d 
Purified fecal microbiota 
 Seres Firmicute spores SER-287 UC NCT02618187 (2015, comp.) 1/d–1/wk 8 wk C.susp. 
NCT03759041 (2018, rec.) 1/d 10 wk 
SER-109 CDI NCT02437487 (2015, comp.) 108 (4 cap.) 1/d 1 d 
NCT03183128 (2017, rec.) 4/d 3 d 
Fecal microbiota 
 MaaT Donor derived MaaT013 GVHD NCT03359980 (2017, rec.) 1012 1/d 3×/16 d Enema 
FMT ICU patients NCT03350178 (2017, term.) 
Autologous FMT AML NCT02928523 (2016, comp.) 1012 1/d 2 d 
 Finch Donor derived CP101 CDI NCT03110133 (2017, rec.) 1/d 1 d Cap. 
ASD NCT03829878 (2019, n.rec.) 1/d 1 d 
oral FMT CRE e1 NCT03527056 (2018, n.rec.) 1/d 1 d 
 Rebiotix Donor derived RBX2660 CDI NCT01925417 (2013, comp.) >1.5 × 109 1/d 1 d Enema 
NCT02299570 (2014, comp.) 1/d 2×/7 d 
NCT02589847 (2015, active) 1/d 2×/7 d 
NCT03244644 (2017, rec.) 
UTI 1/2 NCT03367910 (2017, inv.) 1/d 1 d 
HE 1/2 NCT03439982 (2018, rec.) 
RBX7455 CDI NCT02981316 (2016, active) 1–4 cap. 2/d 2–4 d Cap. 
CompanyStrain (engineered function)API IDDiseasePh.Trial ID (start year, status)Dose (CFU)Freq.Len.Form.
Engineered microorganisms 
 Adhera Escherichia coli (β-catenin shRNA delivery) CEQ508 FAP START-FAP (2010, comp.) 108–109 1/d 28 d 
 Synlogic E. coli (NH3 scavenging) SYNB1020 UCD NCT03179878 (2017, comp.) 2 × 109–2 × 1012 1–3/d 1–14 d Susp. 
Cirrhosis 1/2 NCT03447730 (2018, rec.) 5 × 1011 3/d 6 d 
E. coli (Phe scavenging) SYNB1618 PKU 1/2 NCT03516487 (2018, rec.) 1010–5 × 1011 3/d 1–7 d 
 ActoBio Lactococcus lactis (proinsulin and IL-10 secretion) AG019/tep T1D 1/2 NCT03751007 (2018, rec.) 2–6 cap. 1/d 1 d–8 wk Cap. 
 Oragenics L. lactis (hTFF1 secretion) AG013 OM NCT00938080 (2009, comp.) 2 × 1011–1.2 × 1012 1–6/d 14 d Susp. 
NCT03234465 (2017, rec.) 2 × 1011 3/d 7–9 wk 
Single defined microorganisms 
 Osel Clostridium butyricum CBM588 CDI NCT01077245 (2010, with.) 2 g 2/d 42 d Gran. 
 IBT Lactobacillus reuteri IBP-9414 NEC NCT02472769 (2015, comp.) 108–109 1/d 14 d Susp. 
 Evelo Commensal strain EDP1815 Psoriasis and eczema NCT03733353 (2018, rec.) 55 mg–2.76 g 1/d 15 d Cap. 
EDP1066 NCT03542994 (2018, rec.) 66 mg–3.3 g 1/d 15 d 
EDP1503/pem CRC, TNBC, ICI relapse 1/2 NCT03775850 (2018, rec.) 7.5 × 1010 2/d 14 d 
Melanoma NCT03595683 (2018, rec.) 7.5 × 1010 2/d 14 d 
 4D Pharma Bacteroides thetaiotaomicron Thetanix CD NCT02704728 (2016, comp.) 3 cap. 2/d 7.5 d Cap. 
Enterococcus gallinarum MRx0518/pem Solid tumor 1/2 NCT03637803 (2018, rec.) 1 cap. 2/d 2 yr 
Blautia hydrogenotrophica Blautix IBS NCT03721107 (2018, rec.) >1010 (2 cap.) 2/d 8 wk 
Bifidobacterium breve MRx0004 Asthma 1/2 NCT03851250 (2019, n.rec.) 109–1010 (2 cap.) 2/d 12 wk 
Multiple defined microorganisms 
 Leadiant Lactobacillus acidophilus and Bifidobacterium lactis STP-206 NEC NCT00922324 (2009, comp.) 1/d 1–7 d 
1/2 NCT01954017 (2013, com.) 1/d 2–11 wk 
 Seres Firmicute spores SER-262 CDI NCT02830542 (2016, active) 104–108 1/d 1 d C.susp. 
 Vedanta Eight strains VE303 CDI NCT03788434 (2018, rec.) 2–10 cps 1/d 14 d Cap. 
 Siolta Consortium STMC-103H IgE-AD NCT03819881 (2019, rec.) 2/d 28 d 
 NuBiyota ∼30 commensal strains MET-2 CDI NCT02865616 (2016, rec.) 1.5–10 g (3–20 cap.) 1/d 2–10 d Cap. 
UC NCT03832400 (2019, rec.) 1/d 4–14 d 
MET-3 Obesity e1 NCT03660748 (2018, rec.) 
MET-4 LA-OPSCC NCT03838601 (2019, n.rec.) 2 d–4 wk 
MET-4/ICI Solid tumor e1 NCT03686202 (2018, rec.) 1/d >2 d 
Purified fecal microbiota 
 Seres Firmicute spores SER-287 UC NCT02618187 (2015, comp.) 1/d–1/wk 8 wk C.susp. 
NCT03759041 (2018, rec.) 1/d 10 wk 
SER-109 CDI NCT02437487 (2015, comp.) 108 (4 cap.) 1/d 1 d 
NCT03183128 (2017, rec.) 4/d 3 d 
Fecal microbiota 
 MaaT Donor derived MaaT013 GVHD NCT03359980 (2017, rec.) 1012 1/d 3×/16 d Enema 
FMT ICU patients NCT03350178 (2017, term.) 
Autologous FMT AML NCT02928523 (2016, comp.) 1012 1/d 2 d 
 Finch Donor derived CP101 CDI NCT03110133 (2017, rec.) 1/d 1 d Cap. 
ASD NCT03829878 (2019, n.rec.) 1/d 1 d 
oral FMT CRE e1 NCT03527056 (2018, n.rec.) 1/d 1 d 
 Rebiotix Donor derived RBX2660 CDI NCT01925417 (2013, comp.) >1.5 × 109 1/d 1 d Enema 
NCT02299570 (2014, comp.) 1/d 2×/7 d 
NCT02589847 (2015, active) 1/d 2×/7 d 
NCT03244644 (2017, rec.) 
UTI 1/2 NCT03367910 (2017, inv.) 1/d 1 d 
HE 1/2 NCT03439982 (2018, rec.) 
RBX7455 CDI NCT02981316 (2016, active) 1–4 cap. 2/d 2–4 d Cap. 

Ph., clinical trial phase; Freq., dosing frequency; Len., dosing length; Form., formulation; hTFF1, human trefoil factor 1; tep, teplizumab; pem, pembrolizumab; FAP, familial adenomatous polyposis; UCD, urea cycle disorders; PKU, phenylketonuria; T1D, diabetes mellitus, type 1; OM, oral mucositis; CDI, C. difficile infection; NEC, necrotizing enterocolitis; CRC, colorectal cancer; TNBC, triple-negative breast cancer; ICI, immune checkpoint inhibitors; CD, Crohn’s disease; IBS, irritable bowel syndrome; IgE-AD, atopic immunoglobulin E-mediated allergic disorder; UC, ulcerative colitis; LA-OPSCC, head/neck squamous cell carcinoma; GVHD, graft vs. host disease; ICU, intensive care unit; AML, acute myeloid leukemia; ASD, autism spectrum disorders; CRE, carbapenem-resistant Enterobacteriaceae; UTI, urinary tract infection; HE, hepatic encephalopathy; e, early; comp., completed; rec., recruiting; with., withdrawn; n.rec., not yet recruiting; ter., terminated; inv., enrollment by invitation; susp., suspension; cap., capsule; gran., granules; c.susp., encapsulated suspension.

or Create an Account

Close Modal
Close Modal