Comparison of amino acid sequences of known CD8+ T cell epitopes between SIVmac239Δnef, SIVsmE660, and circulating virus during the chronic phase of infection in the vaccinated animals
| Sequence origin . | Epitope sequence . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mamu-A*01 | Gag149-157LW9 | Gag181-189CM9 | Gag254-262QI9 | Gag372-379LF8 | Pol147-156LV10 | Pol363-372GM10 | Pol592-600QV9 | Pol625-633SV9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | LSPRTLNAW | CTPYDINQM | QNPIPVGNI | LAPVPIPF | LGPHYTPKIV | GSPAIFQYTM | QVPKFHLPV | STPPLVRLV | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ......... | .R.DQL.. | ...N....V. | .......... | E........ | ......... | |||||||
| 02092 | ......... | .A....... | ......... | .R.DQL.. | ...N....V. | .......... | E.....V.. | ......... | |||||||
| 88085 | ......... | ......... | ......... | ........ | .......... | .......... | ......... | ......... | |||||||
| Mamu-A*01 | Env233-241CL9 | Env622-630TL9 | Env729-738ST10 | Tat28-35SL8 | Vif144-152QA9 | Vpx8-18II11 | |||||||||
| SIVmac239Δnef | CAPPGYALL | TVPWPNASL | SSPPSYFQQT | STPESANL | QVPSLQYLA | IPPGNSGEETI | |||||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......ET. | ....A.V..I | P....... | ......... | ........... | |||||||||
| 02092 | ......... | ......GT. | ....A.V..I | P....... | ......... | ........... | |||||||||
| 88085 | ......... | ......ET. | ....A.V..I | ....L... | ......... | ||||||||||
| Mamu-A*02 | Gag71-79GY9 | Pol324-332FF9 | Pol518-526LY9 | Env296-304RY9 | Env317-325KM9 | Env359-367QY9 | Env519-528GF10 | Env760-768SY9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | GSENLKSLY | FSIPLDEEF | LSQEQEGCY | RTIISLNKY | KTVLPVTIM | QTIVKHPRY | GTSRNKRGVF | SSWPWQIEY | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ......... | ......... | ......... | E.L...... | .A........ | R........ | |||||||
| 01022 | ......... | ......... | |||||||||||||
| rhAO84 | ......... | ......... | ......... | ......... | ...f..... | E.L...... | .A........ | R........ | |||||||
| Mamu-A*02 | Env788-795RY8 | Nef20-28LY9 | Vif89-97IW9 | Vif97-104WY8 | Vpr63-71RM9 | ||||||||||
| SIVmac239Δnef | RTLLSRVY | LLRARGETY | ITWYSKNFW | WTDVTPNY | RILQRALFM | ||||||||||
| SIVsmE660 | .DW.L.T. | ..Q...... | .....R... | ......D. | ........I | ||||||||||
| 01022 | ......... | ||||||||||||||
| rhAO84 | .DW.L.T. | ..Q...... | .....R... | ......D. | K.......I | ||||||||||
| Mamu-A*11 | Gag178-186SI9 | Pol92-100AL9 | Pol457-465RI9 | Pol507-517AI11 | Env495-502GI8 | Vpr13-21RV9 | |||||||||
| SIVmac239Δnef | SEGCTPYDI | AERKQREAL | RETWTVNDI | AEAEYEENKII | GDYKLVEI | REPWDEWVV | |||||||||
| SIVsmE660 | ......... | G.–...T. | ......... | ........... | ........ | ......... | |||||||||
| 01009 | ......... | RK–...T. | ......... | ........... | ........ | ......... | |||||||||
| rh2000 | ......... | G.–...T. | ......... | ........... | ........ | ||||||||||
| Mamu-B*08 | Gag263-272YL9 | Env524-532KF9 | Env573-581KL9 | Env717-725LF9 | Env868-876RL9 | Rev12-20KL9 | Rev44-51RL8 | Nef8-16RL9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | YRRWIQLGL | KRGVFVLGF | KRQQELLRL | LRQGYRPVF | RRIRQGLEL | KRLRLIHLL | RRRWQQLL | RRSRPSGDL | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ...H..... | ......... | ......... | .......F. | .Q....I. | KQC.RG.N. | |||||||
| 02132 | ......... | ...G..R.. | ...H..... | ......... | ..V...... | .......F. | .Q....I. | KQCRRR.N. | |||||||
| 01048 | ......... | ......... | .S....... | ......... | ........ | ......... | |||||||||
| Mamu-B*08 | Vif123-131RL9 | Vif172-179RL8 | |||||||||||||
| SIVmac239Δnef | RRAIRGEQL | RRDNRRGL | |||||||||||||
| SIVsmE660 | .......K. | G.N...s. | |||||||||||||
| 02132 | |||||||||||||||
| 01048 | ......... | .....G.. | |||||||||||||
| Mamu-B*17 | Pol372-379MF8 | Pol435-443FW9 | Pol604-613VW10 | Env241-251LF11 | Env816-825LY10 | Env830-838FW9 | Vif44-52HW9 | Vif66-73HW8 | |||||||
| SIVmac239Δnef | MRHVLEPF | FQWMGYELW | VWEQWWTDYW | LRCNDTNYSGF | LRTELTYLQY | FHEAVQAVW | HFKVGWAWW | HLEVQGYW | |||||||
| SIVsmE660 | ..N..... | ......... | I......... | .....S..... | I..GIA.... | .Q.....W. | .H....... | ........ | |||||||
| 01003 | ........ | ......... | .......... | .....S..... | .......... | .Y....... | .H....... | Q....... | |||||||
| 01079 | ..N..... | ......... | I......... | .....S..... | .......... | .Y....... | .H....... | ........ | |||||||
| Mamu-B*17 | Vif135-143CY9 | cryptic RW9 | |||||||||||||
| SIVmac239Δnef | CRFPRAHKY | RHLAFKCLW | |||||||||||||
| SIVsmE660 | .K..K...N | .A..S..FR | |||||||||||||
| 01003 | .K..K...N | .A..S..FR | |||||||||||||
| 01079 | .K..K...N | .A..S..FR | |||||||||||||
| Sequence origin . | Epitope sequence . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mamu-A*01 | Gag149-157LW9 | Gag181-189CM9 | Gag254-262QI9 | Gag372-379LF8 | Pol147-156LV10 | Pol363-372GM10 | Pol592-600QV9 | Pol625-633SV9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | LSPRTLNAW | CTPYDINQM | QNPIPVGNI | LAPVPIPF | LGPHYTPKIV | GSPAIFQYTM | QVPKFHLPV | STPPLVRLV | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ......... | .R.DQL.. | ...N....V. | .......... | E........ | ......... | |||||||
| 02092 | ......... | .A....... | ......... | .R.DQL.. | ...N....V. | .......... | E.....V.. | ......... | |||||||
| 88085 | ......... | ......... | ......... | ........ | .......... | .......... | ......... | ......... | |||||||
| Mamu-A*01 | Env233-241CL9 | Env622-630TL9 | Env729-738ST10 | Tat28-35SL8 | Vif144-152QA9 | Vpx8-18II11 | |||||||||
| SIVmac239Δnef | CAPPGYALL | TVPWPNASL | SSPPSYFQQT | STPESANL | QVPSLQYLA | IPPGNSGEETI | |||||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......ET. | ....A.V..I | P....... | ......... | ........... | |||||||||
| 02092 | ......... | ......GT. | ....A.V..I | P....... | ......... | ........... | |||||||||
| 88085 | ......... | ......ET. | ....A.V..I | ....L... | ......... | ||||||||||
| Mamu-A*02 | Gag71-79GY9 | Pol324-332FF9 | Pol518-526LY9 | Env296-304RY9 | Env317-325KM9 | Env359-367QY9 | Env519-528GF10 | Env760-768SY9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | GSENLKSLY | FSIPLDEEF | LSQEQEGCY | RTIISLNKY | KTVLPVTIM | QTIVKHPRY | GTSRNKRGVF | SSWPWQIEY | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ......... | ......... | ......... | E.L...... | .A........ | R........ | |||||||
| 01022 | ......... | ......... | |||||||||||||
| rhAO84 | ......... | ......... | ......... | ......... | ...f..... | E.L...... | .A........ | R........ | |||||||
| Mamu-A*02 | Env788-795RY8 | Nef20-28LY9 | Vif89-97IW9 | Vif97-104WY8 | Vpr63-71RM9 | ||||||||||
| SIVmac239Δnef | RTLLSRVY | LLRARGETY | ITWYSKNFW | WTDVTPNY | RILQRALFM | ||||||||||
| SIVsmE660 | .DW.L.T. | ..Q...... | .....R... | ......D. | ........I | ||||||||||
| 01022 | ......... | ||||||||||||||
| rhAO84 | .DW.L.T. | ..Q...... | .....R... | ......D. | K.......I | ||||||||||
| Mamu-A*11 | Gag178-186SI9 | Pol92-100AL9 | Pol457-465RI9 | Pol507-517AI11 | Env495-502GI8 | Vpr13-21RV9 | |||||||||
| SIVmac239Δnef | SEGCTPYDI | AERKQREAL | RETWTVNDI | AEAEYEENKII | GDYKLVEI | REPWDEWVV | |||||||||
| SIVsmE660 | ......... | G.–...T. | ......... | ........... | ........ | ......... | |||||||||
| 01009 | ......... | RK–...T. | ......... | ........... | ........ | ......... | |||||||||
| rh2000 | ......... | G.–...T. | ......... | ........... | ........ | ||||||||||
| Mamu-B*08 | Gag263-272YL9 | Env524-532KF9 | Env573-581KL9 | Env717-725LF9 | Env868-876RL9 | Rev12-20KL9 | Rev44-51RL8 | Nef8-16RL9 | |||||||
| SIVmac239Δnef | YRRWIQLGL | KRGVFVLGF | KRQQELLRL | LRQGYRPVF | RRIRQGLEL | KRLRLIHLL | RRRWQQLL | RRSRPSGDL | |||||||
| SIVsmE660 | ......... | ......... | ...H..... | ......... | ......... | .......F. | .Q....I. | KQC.RG.N. | |||||||
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| 01048 | ......... | ......... | .S....... | ......... | ........ | ......... | |||||||||
| Mamu-B*08 | Vif123-131RL9 | Vif172-179RL8 | |||||||||||||
| SIVmac239Δnef | RRAIRGEQL | RRDNRRGL | |||||||||||||
| SIVsmE660 | .......K. | G.N...s. | |||||||||||||
| 02132 | |||||||||||||||
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| Mamu-B*17 | Pol372-379MF8 | Pol435-443FW9 | Pol604-613VW10 | Env241-251LF11 | Env816-825LY10 | Env830-838FW9 | Vif44-52HW9 | Vif66-73HW8 | |||||||
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| 01079 | .K..K...N | .A..S..FR | |||||||||||||
Periods represent conserved amino acids in comparison to SIVmac239Δnef. The aa sequence for each epitope corresponds to the vaccine strain SIVmac237Δnef. Any aa substitutions in these epitopes present in our stock of SIVsmE660 or in the plasma virus of our vaccinated animals during the chronic phase of infection are identified with capital letters or lowercase letters for mixed populations. Periods represent conserved aa in comparison to SIVmac239Δnef.