Table 2. smt3 allR SGA correlation... | Rockefeller University Press

Table 2.

smt3^allR SGA correlation analysis

Category	Gene	Correlation
SUMO system
SUMO system components	ubc9-2	0.430
	SMT3_damp	0.338
	mms21-1	0.329
	ulp1-333	0.263
	NFI1	0.087
NPC components–Ulp1 localization	NUP60	0.328
	NUP133	0.228
	nup145-R4	0.223
	SRP1_damp	0.149
	NUP84	0.113
	GLE2	0.130
	YLL023C	0.109
	nup57-E17	0.094
	NUP49_damp	0.091
Chromatin remodeling
Histone chaperone	ASF1	0.247
Chromatin silencing	ESC2	0.294
	RTT109	0.141
	RAP1_damp	0.116
	MOT3	0.110
	YAP1	0.109
	RIF1	0.099
Chromatin assembly factor (CAF-1)	CAC2	0.176
	RLF2	0.148
	MSI1	0.090
Histones	HTA1	0.139
	HTZ1	0.123
	HHF1	0.119
SWR1 complex	SWR1	0.144
	HTZ1	0.123
	VPS71	0.108
	ARP6	0.105
	swc4-4	0.099
	VPS72	0.098
	SWC3	0.097
DNA replication and repair
MRX complex	MRE11	0.166
	XRS2	0.154
	RAD50	0.138
	SAE2	0.127
MCM complex	cdc47-ts	0.217
	mcm3-1	0.132
	cdc46-1	0.127
Mms21–Smc5–Smc6 complex	mms21-1	0.329
	nse3-ts4	0.287
	nse4-ts2	0.263
	kre29-ts2	0.213
	nse4-ts4	0.183
	nse3-ts3	0.175
	nse5-ts4	0.165
	smc5-6	0.152
	nse4-ts3	0.151
	smc6-9	0.147
	nse5-ts2	0.118
Pol2–TOF1–MRC1–CSM3 complex	MRC1	0.206
	pol2-12	0.182
	CSM3	0.180
	TOF1	0.141
Origin recognition complex	orc2-2	0.157
	orc2-4	0.096
	orc3-70	0.095
Ribonuclease 2	RNH203	0.138
	RNH202	0.137
Polymerase delta	POL32	0.231
	cdc2-1	0.219
	cdc2-7	0.185
	cdc2-2	0.167
Mms4–Mus81 complex	MMS4	0.177
	MUS81	0.156
Pol1-DNA primase	pol12-ts	0.192
	pol1-13	0.128
	pol1-ts	0.120
	pol1-1	0.118
	pri2-1	0.109
RFC complex	ELG1	0.271
	rfc4-20	0.214
	rfc5-1	0.153
	RAD24	0.116
	CTF18	0.101
	CHL1	0.097
	DCC1	0.092
Other	RAD27	0.242
	RRM3	0.192
	RTT107	0.168
	psf1-1	0.158
	DUN1	0.146
	DDC1	0.133
	RNR4	0.120
	CLB5	0.119
	RAP1_damp	0.116
	dpb11-1	0.111
	MMS22	0.108
	RAD5	0.100
	RAD54	0.098
	REV3	0.098
	RAD17	0.097
	cdc6-1	0.097
	RAD55	0.090
Ubiquitin–proteasome system
STUbL	SLX8	0.393
	SLX5	0.247
Cdc48	cdc48-2	0.183
	SHP1	0.160
	cdc48-3	0.145
	OTU1	0.081
APC/C	apc5-CA	0.162
	apc2-8	0.161
	cdc20-2	0.161
	cdc20-1	0.134
	cdc16-1	0.130
	cdc23-1	0.102
SCF	DIA2	0.169
	UBC4	0.105
Proteasome	rpn12-1	0.155
	rpn11-8	0.127
	SCL1_damp	0.118
	rpn11-14	0.107
	rpt1-1	0.107
	RPN4	0.100
	rpt6-20	0.091
Miscellaneous
Spindle/kinetochore	spc105-15	0.154
	LTE1	0.152
	BUB3	0.149
	KAR3	0.135
	CIK1	0.129
	CLB5	0.119
	BUB1	0.105
	stu2-12	0.094
	stu2-11	0.092
HOG pathway signaling	SSK2	0.120
	PBS2	0.082
Vesicle/vacuole	ALF1_damp	0.160
	LTE1	0.152
	VID22	0.133
	ICE2	0.105
	PGA3_damp	0.104
	EMC2	0.102
	VPS21	0.101
Mitochondrial function	MRH4	0.193
	MSW1	0.187
	PET111	0.131
	MRP49	0.100
	YDR065W	0.100
	PET8	0.092
	SOV1	0.092
	QCR8	0.090
	MRPL19	0.090

Category	Gene	Correlation
SUMO system
SUMO system components	ubc9-2	0.430
	SMT3_damp	0.338
	mms21-1	0.329
	ulp1-333	0.263
	NFI1	0.087
NPC components–Ulp1 localization	NUP60	0.328
	NUP133	0.228
	nup145-R4	0.223
	SRP1_damp	0.149
	NUP84	0.113
	GLE2	0.130
	YLL023C	0.109
	nup57-E17	0.094
	NUP49_damp	0.091
Chromatin remodeling
Histone chaperone	ASF1	0.247
Chromatin silencing	ESC2	0.294
	RTT109	0.141
	RAP1_damp	0.116
	MOT3	0.110
	YAP1	0.109
	RIF1	0.099
Chromatin assembly factor (CAF-1)	CAC2	0.176
	RLF2	0.148
	MSI1	0.090
Histones	HTA1	0.139
	HTZ1	0.123
	HHF1	0.119
SWR1 complex	SWR1	0.144
	HTZ1	0.123
	VPS71	0.108
	ARP6	0.105
	swc4-4	0.099
	VPS72	0.098
	SWC3	0.097
DNA replication and repair
MRX complex	MRE11	0.166
	XRS2	0.154
	RAD50	0.138
	SAE2	0.127
MCM complex	cdc47-ts	0.217
	mcm3-1	0.132
	cdc46-1	0.127
Mms21–Smc5–Smc6 complex	mms21-1	0.329
	nse3-ts4	0.287
	nse4-ts2	0.263
	kre29-ts2	0.213
	nse4-ts4	0.183
	nse3-ts3	0.175
	nse5-ts4	0.165
	smc5-6	0.152
	nse4-ts3	0.151
	smc6-9	0.147
	nse5-ts2	0.118
Pol2–TOF1–MRC1–CSM3 complex	MRC1	0.206
	pol2-12	0.182
	CSM3	0.180
	TOF1	0.141
Origin recognition complex	orc2-2	0.157
	orc2-4	0.096
	orc3-70	0.095
Ribonuclease 2	RNH203	0.138
	RNH202	0.137
Polymerase delta	POL32	0.231
	cdc2-1	0.219
	cdc2-7	0.185
	cdc2-2	0.167
Mms4–Mus81 complex	MMS4	0.177
	MUS81	0.156
Pol1-DNA primase	pol12-ts	0.192
	pol1-13	0.128
	pol1-ts	0.120
	pol1-1	0.118
	pri2-1	0.109
RFC complex	ELG1	0.271
	rfc4-20	0.214
	rfc5-1	0.153
	RAD24	0.116
	CTF18	0.101
	CHL1	0.097
	DCC1	0.092
Other	RAD27	0.242
	RRM3	0.192
	RTT107	0.168
	psf1-1	0.158
	DUN1	0.146
	DDC1	0.133
	RNR4	0.120
	CLB5	0.119
	RAP1_damp	0.116
	dpb11-1	0.111
	MMS22	0.108
	RAD5	0.100
	RAD54	0.098
	REV3	0.098
	RAD17	0.097
	cdc6-1	0.097
	RAD55	0.090
Ubiquitin–proteasome system
STUbL	SLX8	0.393
	SLX5	0.247
Cdc48	cdc48-2	0.183
	SHP1	0.160
	cdc48-3	0.145
	OTU1	0.081
APC/C	apc5-CA	0.162
	apc2-8	0.161
	cdc20-2	0.161
	cdc20-1	0.134
	cdc16-1	0.130
	cdc23-1	0.102
SCF	DIA2	0.169
	UBC4	0.105
Proteasome	rpn12-1	0.155
	rpn11-8	0.127
	SCL1_damp	0.118
	rpn11-14	0.107
	rpt1-1	0.107
	RPN4	0.100
	rpt6-20	0.091
Miscellaneous
Spindle/kinetochore	spc105-15	0.154
	LTE1	0.152
	BUB3	0.149
	KAR3	0.135
	CIK1	0.129
	CLB5	0.119
	BUB1	0.105
	stu2-12	0.094
	stu2-11	0.092
HOG pathway signaling	SSK2	0.120
	PBS2	0.082
Vesicle/vacuole	ALF1_damp	0.160
	LTE1	0.152
	VID22	0.133
	ICE2	0.105
	PGA3_damp	0.104
	EMC2	0.102
	VPS21	0.101
Mitochondrial function	MRH4	0.193
	MSW1	0.187
	PET111	0.131
	MRP49	0.100
	YDR065W	0.100
	PET8	0.092
	SOV1	0.092
	QCR8	0.090
	MRPL19	0.090

194 genes display a positive correlation with the smt3^allR genetic map. Genes are grouped according to functional categories.

View Large

This Feature Is Available To Subscribers Only