Table 2. Base composition in SNS and... | Rockefeller University Press

Table 2.

Base composition in SNS and pre-RC zones

Zone type	As	Ts	Gs	Cs	CG	GC	CC	GG	GC or CG	TA	AT	AA	TT	AT or TA
All pre-RC	0.206	0.232	0.284	0.277	0.050	0.073	0.083	0.086	0.124	0.034	0.043	0.044	0.053	0.077
Top-pre-RC	0.204	0.218	0.294	0.285	0.055	0.078	0.089	0.090	0.134	0.032	0.040	0.042	0.046	0.073
Bot-pre-RC	0.220	0.235	0.270	0.275	0.043	0.070	0.081	0.078	0.113	0.035	0.046	0.051	0.055	0.080
All SNS	0.221	0.235	0.283	0.262	0.043	0.069	0.080	0.088	0.112	0.039	0.048	0.051	0.057	0.087
TopSNS	0.223	0.243	0.276	0.257	0.042	0.066	0.082	0.081	0.108	0.041	0.051	0.050	0.066	0.092
BotSNS	0.218	0.224	0.296	0.262	0.046	0.073	0.076	0.094	0.119	0.032	0.045	0.051	0.050	0.077
Genome mean	0.203	0.214	0.301	0.282	0.054	0.079	0.090	0.101	0.133	0.032	0.041	0.043	0.048	0.074

Zone type	As	Ts	Gs	Cs	CG	GC	CC	GG	GC or CG	TA	AT	AA	TT	AT or TA
All pre-RC	0.206	0.232	0.284	0.277	0.050	0.073	0.083	0.086	0.124	0.034	0.043	0.044	0.053	0.077
Top-pre-RC	0.204	0.218	0.294	0.285	0.055	0.078	0.089	0.090	0.134	0.032	0.040	0.042	0.046	0.073
Bot-pre-RC	0.220	0.235	0.270	0.275	0.043	0.070	0.081	0.078	0.113	0.035	0.046	0.051	0.055	0.080
All SNS	0.221	0.235	0.283	0.262	0.043	0.069	0.080	0.088	0.112	0.039	0.048	0.051	0.057	0.087
TopSNS	0.223	0.243	0.276	0.257	0.042	0.066	0.082	0.081	0.108	0.041	0.051	0.050	0.066	0.092
BotSNS	0.218	0.224	0.296	0.262	0.046	0.073	0.076	0.094	0.119	0.032	0.045	0.051	0.050	0.077
Genome mean	0.203	0.214	0.301	0.282	0.054	0.079	0.090	0.101	0.133	0.032	0.041	0.043	0.048	0.074

Summary of nucleotide features within enriched pre-RC and SNS zones. The numbers indicate the percentages of single nucleotides, dinucleotide pairs (AT, TA, GC, and CG), and of single dinucleotide pairs. The top and bottom values give the percentages of the strongest and weakest enrichment zones (n =19 for pre-RC; n = 17 for SNS).

[ViewLarge]

Sharing Unavailable