Skip to Main Content
Table 1.
Structures of TRP channels
TRP channelPDB IDResolution (Å)Residue forming the gateR (Å)π-Bulge?Conserved asparagineStateReference
TRPV1 5IRZ 2.95 I679 0.7 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 5IS0 3.43 I679 0.7 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 3J5P 3.275 I679 0.8 Yes N676 In Liao et al., 2013  
TRPV1 3J5R 4.2 I679 1.8 Yes N676 Out Cao et al., 2013b  
TRPV1 5IRX 2.95 I679 2.8 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 3J5Q 3.8 I679 3.0 Yes N676 In Cao et al., 2013b  
TRPV2 5AN8 3.8 M643 0.9 No N637 Out Zubcevic et al., 2016  
TRPV2 5HI9 4.4 M645 1.1 No N639 Out Huynh et al., 2016  
TRPV2 6BWM 3.9 M643 not resolved — No N637 Out Zubcevic et al., 2018  
TRPV2 6BWJ 3.1 M643 partially resolved — No N637 Out Zubcevic et al., 2018  
TRPV3 6DVW 4.3 M677 0.9 No N671 Out Singh et al., 2018a  
TRPV3 6DVY 4.0 M677 0.9 No N671 Out Singh et al., 2018a  
TRPV3 6DVZ 4.24 I674 2.4 Yes N671 In Singh et al., 2018a  
TRPV4 6BBJ 3.8 M714 0.8 No N708 Out Deng et al., 2018  
TRPV5 6B5V 4.8 M578 0.8 No N572 Out Hughes et al., 2018a  
TRPV5 6DMU 3.9 I575 3.3 Yes N572 In Hughes et al., 2018b  
TRPV6 6BO8 3.6 I575 2.9 Yes N572 In McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BO9 4.0 I575 3.1 Yes N572 In McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BOB 3.9 M577 0.8 No N571 Out McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BOA 4.2 M578 0.8 No N572 Out McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 5IWK 3.247 M577 0.6 No N571 Out Saotome et al., 2016  
TRPV6 5WO6 3.31 M577 0.7 No N571 Out Singh et al., 2017  
TRPV6 6D7S 4.34 I575 2.7 Yes N572 In Singh et al., 2018b  
TRPV6 6D7T 4.44 M578 0.8 No N572 Out Singh et al., 2018b  
TRPA1 3J9P 4.24 I957 1.4 Yes N954 In Paulsen et al., 2015  
TRPM2 6CO7 3.07 I1082 0.9 Yes N1079 In Zhang et al., 2018  
TRPM4 6BQV 3.1 I1040 0.7 Yes N1037 In Autzen et al., 2018  
TRPM4 6BQR 3.2 I1040 0.8 Yes N1037 In Autzen et al., 2018  
TRPM4 5WP6 3.8 I1040 1.0 Yes N1037 In Winkler et al., 2017  
TRPM4 6BCJ 3.14 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCL 3.54 I1036 0.8 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCO 2.88 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCQ 3.25 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM7 6BWD 3.7 I748/I931 0.8 Yes N745/N928 In Duan et al., 2018b  
TRPM8 6BPQ 4.1 L973 0.8 No N967 Out Yin et al., 2018  
TRPC3 6CUD 3.3 I658 0.7 No N652 Out Fan et al., 2018  
TRPC3 5ZBG 4.36 I655 1.8 S6 distorted N652 In Tang et al., 2018  
TRPC4 5Z96 3.28 I617 0.9 Yes N614 In Duan et al., 2018b  
TRPC4 6G1K 3.6 I617 0.8 Yes N614 In Vinayagam et al., 2018  
TRPC6 5YX9 3.8 I724 1.5 S6 distorted N721 In Tang et al., 2018  
TRPP2 5MKE 4.3 L677 1.9 S6 distorted N674 In Wilkes et al., 2017  
TRPP2 5MKF 4.2 L677 1.0 S6 distorted N674 Out Wilkes et al., 2017  
TRPP2 5T4D 3.0 L677 0.6 Yes N674 In Shen et al., 2016  
TRPP2 5K47 4.22 L677 0.7 Yes N674 In Grieben et al., 2017  
TRPP2 6D1W 3.54 I680 2.3 No N674 Out Zheng et al., 2018  
TRPP2 5Z1W 3.38 I560 2.6 No N554 Out Su et al., 2018b  
TRPP2 6DU8 3.11 I560 0.5 No N554 Out Hulse et al., 2018  
TRPP2 6A70 3.6 L677 0.9 Yes N674 In Su et al., 2018a  
NOMPC 5VKQ 3.55 I1554 0.8 Yes Q1551 In Jin et al., 2017  
TRPML1 5WJ5 3.72 I514 0.9 Yes S511 In Schmiege et al., 2017  
TRPML1 5WJ9 3.49 I514 2.4 Yes S511 In Schmiege et al., 2017  
TRPML1 5WPQ 3.64 I514 0.9 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML1 5WPT 3.75 I514 0.8 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML1 5WPV 3.59 I514 0.6 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML3 6AYE 4.06 I498 0.8 Yes S495 In Zhou et al., 2017  
TRPML3 6AYF 3.62 I498 3.3 Yes S495 In Zhou et al., 2017  
TRPML3 5W3S 2.94 I498 1.0 Yes S495 In Hirschi et al., 2017  
TRP channelPDB IDResolution (Å)Residue forming the gateR (Å)π-Bulge?Conserved asparagineStateReference
TRPV1 5IRZ 2.95 I679 0.7 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 5IS0 3.43 I679 0.7 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 3J5P 3.275 I679 0.8 Yes N676 In Liao et al., 2013  
TRPV1 3J5R 4.2 I679 1.8 Yes N676 Out Cao et al., 2013b  
TRPV1 5IRX 2.95 I679 2.8 Yes N676 In Gao et al., 2016  
TRPV1 3J5Q 3.8 I679 3.0 Yes N676 In Cao et al., 2013b  
TRPV2 5AN8 3.8 M643 0.9 No N637 Out Zubcevic et al., 2016  
TRPV2 5HI9 4.4 M645 1.1 No N639 Out Huynh et al., 2016  
TRPV2 6BWM 3.9 M643 not resolved — No N637 Out Zubcevic et al., 2018  
TRPV2 6BWJ 3.1 M643 partially resolved — No N637 Out Zubcevic et al., 2018  
TRPV3 6DVW 4.3 M677 0.9 No N671 Out Singh et al., 2018a  
TRPV3 6DVY 4.0 M677 0.9 No N671 Out Singh et al., 2018a  
TRPV3 6DVZ 4.24 I674 2.4 Yes N671 In Singh et al., 2018a  
TRPV4 6BBJ 3.8 M714 0.8 No N708 Out Deng et al., 2018  
TRPV5 6B5V 4.8 M578 0.8 No N572 Out Hughes et al., 2018a  
TRPV5 6DMU 3.9 I575 3.3 Yes N572 In Hughes et al., 2018b  
TRPV6 6BO8 3.6 I575 2.9 Yes N572 In McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BO9 4.0 I575 3.1 Yes N572 In McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BOB 3.9 M577 0.8 No N571 Out McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 6BOA 4.2 M578 0.8 No N572 Out McGoldrick et al., 2018  
TRPV6 5IWK 3.247 M577 0.6 No N571 Out Saotome et al., 2016  
TRPV6 5WO6 3.31 M577 0.7 No N571 Out Singh et al., 2017  
TRPV6 6D7S 4.34 I575 2.7 Yes N572 In Singh et al., 2018b  
TRPV6 6D7T 4.44 M578 0.8 No N572 Out Singh et al., 2018b  
TRPA1 3J9P 4.24 I957 1.4 Yes N954 In Paulsen et al., 2015  
TRPM2 6CO7 3.07 I1082 0.9 Yes N1079 In Zhang et al., 2018  
TRPM4 6BQV 3.1 I1040 0.7 Yes N1037 In Autzen et al., 2018  
TRPM4 6BQR 3.2 I1040 0.8 Yes N1037 In Autzen et al., 2018  
TRPM4 5WP6 3.8 I1040 1.0 Yes N1037 In Winkler et al., 2017  
TRPM4 6BCJ 3.14 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCL 3.54 I1036 0.8 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCO 2.88 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM4 6BCQ 3.25 I1036 0.9 Yes N1033 In Guo et al., 2017  
TRPM7 6BWD 3.7 I748/I931 0.8 Yes N745/N928 In Duan et al., 2018b  
TRPM8 6BPQ 4.1 L973 0.8 No N967 Out Yin et al., 2018  
TRPC3 6CUD 3.3 I658 0.7 No N652 Out Fan et al., 2018  
TRPC3 5ZBG 4.36 I655 1.8 S6 distorted N652 In Tang et al., 2018  
TRPC4 5Z96 3.28 I617 0.9 Yes N614 In Duan et al., 2018b  
TRPC4 6G1K 3.6 I617 0.8 Yes N614 In Vinayagam et al., 2018  
TRPC6 5YX9 3.8 I724 1.5 S6 distorted N721 In Tang et al., 2018  
TRPP2 5MKE 4.3 L677 1.9 S6 distorted N674 In Wilkes et al., 2017  
TRPP2 5MKF 4.2 L677 1.0 S6 distorted N674 Out Wilkes et al., 2017  
TRPP2 5T4D 3.0 L677 0.6 Yes N674 In Shen et al., 2016  
TRPP2 5K47 4.22 L677 0.7 Yes N674 In Grieben et al., 2017  
TRPP2 6D1W 3.54 I680 2.3 No N674 Out Zheng et al., 2018  
TRPP2 5Z1W 3.38 I560 2.6 No N554 Out Su et al., 2018b  
TRPP2 6DU8 3.11 I560 0.5 No N554 Out Hulse et al., 2018  
TRPP2 6A70 3.6 L677 0.9 Yes N674 In Su et al., 2018a  
NOMPC 5VKQ 3.55 I1554 0.8 Yes Q1551 In Jin et al., 2017  
TRPML1 5WJ5 3.72 I514 0.9 Yes S511 In Schmiege et al., 2017  
TRPML1 5WJ9 3.49 I514 2.4 Yes S511 In Schmiege et al., 2017  
TRPML1 5WPQ 3.64 I514 0.9 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML1 5WPT 3.75 I514 0.8 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML1 5WPV 3.59 I514 0.6 Yes S511 In Chen et al., 2017  
TRPML3 6AYE 4.06 I498 0.8 Yes S495 In Zhou et al., 2017  
TRPML3 6AYF 3.62 I498 3.3 Yes S495 In Zhou et al., 2017  
TRPML3 5W3S 2.94 I498 1.0 Yes S495 In Hirschi et al., 2017  

Columns contain PDB ID, resolution, residue forming the gate, pore radius at the level of the gate, presence/absence of the π-bulge in the S6 helix, conserved asparagine, and conformational state of the conserved asparagine (inside or outside the pore). The pore radius at the level of the gate was estimated using HOLE (Smart et al., 1996). For TRPV2 6BWM and 6BWJ structures, the side chain of the residue forming the gate was either not resolved or resolved partially; the pore radius was not estimated for these structures.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal