Skip to Main Content
Table 4.
CAMERA statistics used in the validation of the Mg-52 and beMφ-50 genetic signatures
GEO datasetControlExperimentalMg-52beMφ-50
T statisticFDRT statisticFDR
       
GSE75246 Microglia, vehicle treated Microglia, LPS treated −9.18997599139088 8.73894827192082E-20a −0.960428754944643 0.336853025380644 
GSE75246 Microglia, vehicle treated Neuron, vehicle treated −9.28373097503757 3.65539900363888E-20a −1.6069073647106 0.108093118311235 
GSE75246 Microglia, vehicle treated Astrocyte, vehicle treated −8.43449685504562 7.17579519282282E-17a −0.982701094445303 0.325768448416933 
GSE75246 Microglia, LPS treated Neuron LPS treated −5.703178515505 2.3906543497579E-08a −1.23253311708603 0.217766916347967 
GSE75246 Microglia, LPS treated Astrocyte, LPS treated −3.82020514805529 0.000267622477204a −0.76323460910686 0.445334000895242 
GSE75246 Neuron, vehicle treated Neuron, LPS treated −2.48230960173674 0.026125771365367 1.03261170555403 0.30180022362708 
GSE75246 Neuron, vehicle treated Astrocyte, vehicle treated 2.39665178928464 0.033112577014953 0.940103366793486 0.347177795693465 
GSE75246 Astrocyte, vehicle treated Astrocyte, LPS treated −0.355557598200872 0.722176280064764 −0.55668524588016 0.722176280064764 
GSE15907 Microglia SI LP macrophage −11.2065064200678 9.18045352544835E-29a 4.71522334166825 2.43012363462998E-06a 
GSE15907 Microglia Lung CD11b+ macrophage −17.8986346561823 8.2656485448573E-71a 3.75505071435236 0.000173778763046a 
GSE15907 Microglia SI serosal macrophage −12.8781234055138 1.66788609720075E-37a 4.98232404004903 6.33293438301929E-07a 
GSE15907 Microglia Peritoneal F4/80lo macrophage −13.8346052104306 4.90645664168948E-43a 1.33690258052763 0.181269070989656 
GSE15907 Microglia LN CD169+CD11c+ macrophage −16.7938329111185 1.40723697488701E-62a 0.323384063567144 0.746407650677293 
GSE15907 Microglia BM macrophage −14.1038712769937 1.1592597363317E-44a −0.91021289075231 0.362720802630218 
GSE15907 Microglia Medullary sinus macrophage −16.9449218942956 1.12872637834688E-63a 0.394208861959158 0.693430887937153 
GSE15907 Microglia LN subcapsular macrophage −16.8108255068152 1.06072069454246E-62a −0.569435569747971 0.569066737637983 
GSE15907 Microglia Peritoneal F4/80hi macrophage −13.2907475407257 7.64121015322315E-40a 1.77706541396221 0.075572099377594 
GSE15907 Microglia Red pulp macrophage −13.8968419518646 2.07736897631509E-43a 0.800634377157631 0.423352494668722 
GSE15907 Microglia Lung CD11c+ macrophage −12.449942293778 3.74528948133128E-35a −1.84381236333192 0.065224715729658 
GSE15907 Microglia BM Ly6c+MHCII monocyte −15.9185653482659 2.03921322346964E-56a −0.818538144350527 0.413059355130746 
GSE15907 Microglia BM Ly6cMHCII monocyte −16.995529069284 4.82435079029921E-64a −0.4980128606501 0.618480246889288 
GSE15907 Microglia Blood Ly6c+MHCII+ monocyte −16.4580514220967 3.54539257686525E-60a 0.935598972668471 0.349490573927721 
GSE15907 Microglia Blood Ly6c+MHCII monocyte −13.4521196565583 8.89007050093597E-41a 0.93218558886987 0.351251449984407 
GSE15907 Microglia LN Ly6c+MHCII monocyte −16.8225925914844 8.72001502349316E-63a 1.24084625878423 0.214676554440318 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCII+ monocyte −18.884692403881 1.39532275643974E-78a 0.270993599010383 0.786398646520675 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCII monocyte −16.5767118715121 5.08670106411122E-61a −0.514869830796944 0.60664945933478 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCIIint monocyte −13.856797569651 3.61293182305638E-43a 0.232110933264168 0.816454138490933 
GSE15907 Microglia Blood neutrophil −12.9632371395544 5.56623874137407E-38a −1.79279030852971 0.073020996049815 
GSE15907 Microglia BM neutrophil −11.4003953949682 1.02230860670541E-29a −1.72096439038072 0.08527216840678 
GSE15907 Microglia Spleen CD4+ DC −13.9384560198774 1.16689659747184E-43a −0.245307707479572 0.806220606319135 
GSE15907 Microglia Spleen CD8+ DC −13.7057882876266 2.87179757732365E-42a 0.398151064886531 0.690522924468198 
GSE15907 Microglia Spleen CD4CD8CD11b DC −15.1108056316066 5.1513600603475E-51a −0.371877852772889 0.709987586561984 
GSE15907 Microglia Spleen CD8+ pDC −11.9560451648539 1.54734296499501E-32a −0.5330479854046 0.594006063116689 
GSE15907 Microglia Spleen CD8 pDC −12.0888471854728 3.13529730173023E-33a −0.686519292990229 0.492393361276459 
GSE15907 Microglia Spleen CD4CD8CD11b+ DC −16.7499579333542 2.91605319710899E-62a −0.773651602002031 0.439145647090047 
GSE15907 Microglia Lung CD103+ DC −12.9476715882146 6.80692723941832E-38a 1.56459587282508 0.117692921772633 
GSE15907 Microglia Lung CD11b+CD24+ DC −14.2347565935749 1.83032966037038E-45a 1.79831123076597 0.072142206176879 
GSE15907 Microglia Liver CD103+ DC −14.59556587753 1.0361250320237E-47a 0.882871388829489 0.377315974859225 
GSE15907 Microglia Kidney CD103CD11b+F4/80lo DC −13.3863273878228 2.14353221609188E-40a 1.96342185139998 0.049610489223897 
GSE15907 Microglia Langerhans cell −13.5648053990461 1.94992734843495E-41a −0.368430279415978 0.71255617554319 
GSE15907 Microglia Spleen follicular B cell −11.8221570653282 7.60363847464607E-32a −2.06435720774193 0.038996239349848 
GSE15907 Microglia Spleen MZ B cell −12.8680272621344 1.89888380743561E-37a −2.21791907042995 0.02657112051891 
GSE15907 Microglia Spleen GC B cell −11.6270160082023 7.5026540207794E-31a −2.63836018619294 0.008337012761183 
GSE15907 Microglia Peritoneal B1a cell −12.8368524481395 2.83249315683069E-37a −2.25999214810576 0.023832043427742 
GSE15907 Microglia Peritoneal B1b cell −12.4704022163508 2.90329306882604E-35a −2.03073615939647 0.042294469723543 
GSE15907 Microglia Spleen naive CD4+ T cell −12.0514689371187 4.92231507926634E-33a −1.32085874766837 0.186563009465559 
GSE15907 Microglia Spleen naive CD8+ T cell −15.632336222605 1.79884156914574E-54a −1.88247758455911 0.059785157409316 
GSE15907 Microglia Spleen memory CD4+ T cell −12.7721168022034 6.47878151163567E-37a −0.442027244316272 0.658474090360188 
GSE15907 Microglia Spleen memory CD8+ T cell −13.5419211345285 2.65618103458737E-41a −1.33469326750991 0.181991378524863 
GSE15907 Microglia Spleen T regulatory cell −15.4254434586749 4.36485159999069E-53a −1.26238816488991 0.206823310056597 
GSE15907 Microglia Spleen natural killer cell −15.8677797159762 4.54101007200768E-56a −1.28565291148151 0.198578545975841 
GSE68376 Microglia beMφ −10.6110235228595 6.8924083456567E-26a 6.56936921593136 5.25863738290986E-11a 
GSE108575 Microglia, LPS treated beMφ, LPS treated −7.64393242343623 2.23315767992962E-14a 8.126057045216 9.55133453377967E-16a 
GSE99078 iMac, day 0 BM Mac, day 0 −2.27409571243689 0.022973398251917 4.85289376959958 2.45636395979254E-06a 
GSE99078 iMac, day 3 BM Mac, day 3 −5.60231923708091 4.29964257929522E-08a 1.34724285505885 0.177921083688115 
GSE99078 iMac, day 6 BM Mac, day 6 −5.17686685222183 4.56742989186354E-07a 3.23262604923775 0.001229061186423 
GSE99078 iMac, day 12 BM Mac, day 12 −4.26858897016626 2.48966525049818E-05a 4.21696975941865 2.48966525049818E-05a 
GEO datasetControlExperimentalMg-52beMφ-50
T statisticFDRT statisticFDR
       
GSE75246 Microglia, vehicle treated Microglia, LPS treated −9.18997599139088 8.73894827192082E-20a −0.960428754944643 0.336853025380644 
GSE75246 Microglia, vehicle treated Neuron, vehicle treated −9.28373097503757 3.65539900363888E-20a −1.6069073647106 0.108093118311235 
GSE75246 Microglia, vehicle treated Astrocyte, vehicle treated −8.43449685504562 7.17579519282282E-17a −0.982701094445303 0.325768448416933 
GSE75246 Microglia, LPS treated Neuron LPS treated −5.703178515505 2.3906543497579E-08a −1.23253311708603 0.217766916347967 
GSE75246 Microglia, LPS treated Astrocyte, LPS treated −3.82020514805529 0.000267622477204a −0.76323460910686 0.445334000895242 
GSE75246 Neuron, vehicle treated Neuron, LPS treated −2.48230960173674 0.026125771365367 1.03261170555403 0.30180022362708 
GSE75246 Neuron, vehicle treated Astrocyte, vehicle treated 2.39665178928464 0.033112577014953 0.940103366793486 0.347177795693465 
GSE75246 Astrocyte, vehicle treated Astrocyte, LPS treated −0.355557598200872 0.722176280064764 −0.55668524588016 0.722176280064764 
GSE15907 Microglia SI LP macrophage −11.2065064200678 9.18045352544835E-29a 4.71522334166825 2.43012363462998E-06a 
GSE15907 Microglia Lung CD11b+ macrophage −17.8986346561823 8.2656485448573E-71a 3.75505071435236 0.000173778763046a 
GSE15907 Microglia SI serosal macrophage −12.8781234055138 1.66788609720075E-37a 4.98232404004903 6.33293438301929E-07a 
GSE15907 Microglia Peritoneal F4/80lo macrophage −13.8346052104306 4.90645664168948E-43a 1.33690258052763 0.181269070989656 
GSE15907 Microglia LN CD169+CD11c+ macrophage −16.7938329111185 1.40723697488701E-62a 0.323384063567144 0.746407650677293 
GSE15907 Microglia BM macrophage −14.1038712769937 1.1592597363317E-44a −0.91021289075231 0.362720802630218 
GSE15907 Microglia Medullary sinus macrophage −16.9449218942956 1.12872637834688E-63a 0.394208861959158 0.693430887937153 
GSE15907 Microglia LN subcapsular macrophage −16.8108255068152 1.06072069454246E-62a −0.569435569747971 0.569066737637983 
GSE15907 Microglia Peritoneal F4/80hi macrophage −13.2907475407257 7.64121015322315E-40a 1.77706541396221 0.075572099377594 
GSE15907 Microglia Red pulp macrophage −13.8968419518646 2.07736897631509E-43a 0.800634377157631 0.423352494668722 
GSE15907 Microglia Lung CD11c+ macrophage −12.449942293778 3.74528948133128E-35a −1.84381236333192 0.065224715729658 
GSE15907 Microglia BM Ly6c+MHCII monocyte −15.9185653482659 2.03921322346964E-56a −0.818538144350527 0.413059355130746 
GSE15907 Microglia BM Ly6cMHCII monocyte −16.995529069284 4.82435079029921E-64a −0.4980128606501 0.618480246889288 
GSE15907 Microglia Blood Ly6c+MHCII+ monocyte −16.4580514220967 3.54539257686525E-60a 0.935598972668471 0.349490573927721 
GSE15907 Microglia Blood Ly6c+MHCII monocyte −13.4521196565583 8.89007050093597E-41a 0.93218558886987 0.351251449984407 
GSE15907 Microglia LN Ly6c+MHCII monocyte −16.8225925914844 8.72001502349316E-63a 1.24084625878423 0.214676554440318 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCII+ monocyte −18.884692403881 1.39532275643974E-78a 0.270993599010383 0.786398646520675 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCII monocyte −16.5767118715121 5.08670106411122E-61a −0.514869830796944 0.60664945933478 
GSE15907 Microglia Blood Ly6cMHCIIint monocyte −13.856797569651 3.61293182305638E-43a 0.232110933264168 0.816454138490933 
GSE15907 Microglia Blood neutrophil −12.9632371395544 5.56623874137407E-38a −1.79279030852971 0.073020996049815 
GSE15907 Microglia BM neutrophil −11.4003953949682 1.02230860670541E-29a −1.72096439038072 0.08527216840678 
GSE15907 Microglia Spleen CD4+ DC −13.9384560198774 1.16689659747184E-43a −0.245307707479572 0.806220606319135 
GSE15907 Microglia Spleen CD8+ DC −13.7057882876266 2.87179757732365E-42a 0.398151064886531 0.690522924468198 
GSE15907 Microglia Spleen CD4CD8CD11b DC −15.1108056316066 5.1513600603475E-51a −0.371877852772889 0.709987586561984 
GSE15907 Microglia Spleen CD8+ pDC −11.9560451648539 1.54734296499501E-32a −0.5330479854046 0.594006063116689 
GSE15907 Microglia Spleen CD8 pDC −12.0888471854728 3.13529730173023E-33a −0.686519292990229 0.492393361276459 
GSE15907 Microglia Spleen CD4CD8CD11b+ DC −16.7499579333542 2.91605319710899E-62a −0.773651602002031 0.439145647090047 
GSE15907 Microglia Lung CD103+ DC −12.9476715882146 6.80692723941832E-38a 1.56459587282508 0.117692921772633 
GSE15907 Microglia Lung CD11b+CD24+ DC −14.2347565935749 1.83032966037038E-45a 1.79831123076597 0.072142206176879 
GSE15907 Microglia Liver CD103+ DC −14.59556587753 1.0361250320237E-47a 0.882871388829489 0.377315974859225 
GSE15907 Microglia Kidney CD103CD11b+F4/80lo DC −13.3863273878228 2.14353221609188E-40a 1.96342185139998 0.049610489223897 
GSE15907 Microglia Langerhans cell −13.5648053990461 1.94992734843495E-41a −0.368430279415978 0.71255617554319 
GSE15907 Microglia Spleen follicular B cell −11.8221570653282 7.60363847464607E-32a −2.06435720774193 0.038996239349848 
GSE15907 Microglia Spleen MZ B cell −12.8680272621344 1.89888380743561E-37a −2.21791907042995 0.02657112051891 
GSE15907 Microglia Spleen GC B cell −11.6270160082023 7.5026540207794E-31a −2.63836018619294 0.008337012761183 
GSE15907 Microglia Peritoneal B1a cell −12.8368524481395 2.83249315683069E-37a −2.25999214810576 0.023832043427742 
GSE15907 Microglia Peritoneal B1b cell −12.4704022163508 2.90329306882604E-35a −2.03073615939647 0.042294469723543 
GSE15907 Microglia Spleen naive CD4+ T cell −12.0514689371187 4.92231507926634E-33a −1.32085874766837 0.186563009465559 
GSE15907 Microglia Spleen naive CD8+ T cell −15.632336222605 1.79884156914574E-54a −1.88247758455911 0.059785157409316 
GSE15907 Microglia Spleen memory CD4+ T cell −12.7721168022034 6.47878151163567E-37a −0.442027244316272 0.658474090360188 
GSE15907 Microglia Spleen memory CD8+ T cell −13.5419211345285 2.65618103458737E-41a −1.33469326750991 0.181991378524863 
GSE15907 Microglia Spleen T regulatory cell −15.4254434586749 4.36485159999069E-53a −1.26238816488991 0.206823310056597 
GSE15907 Microglia Spleen natural killer cell −15.8677797159762 4.54101007200768E-56a −1.28565291148151 0.198578545975841 
GSE68376 Microglia beMφ −10.6110235228595 6.8924083456567E-26a 6.56936921593136 5.25863738290986E-11a 
GSE108575 Microglia, LPS treated beMφ, LPS treated −7.64393242343623 2.23315767992962E-14a 8.126057045216 9.55133453377967E-16a 
GSE99078 iMac, day 0 BM Mac, day 0 −2.27409571243689 0.022973398251917 4.85289376959958 2.45636395979254E-06a 
GSE99078 iMac, day 3 BM Mac, day 3 −5.60231923708091 4.29964257929522E-08a 1.34724285505885 0.177921083688115 
GSE99078 iMac, day 6 BM Mac, day 6 −5.17686685222183 4.56742989186354E-07a 3.23262604923775 0.001229061186423 
GSE99078 iMac, day 12 BM Mac, day 12 −4.26858897016626 2.48966525049818E-05a 4.21696975941865 2.48966525049818E-05a 

Publically available transcriptomic datasets and transcriptomic data generated in the current study were used to assess for enrichment of Mg-52 and beMφ-50 gene signatures. CAMERA analysis was performed as described in Materials and methods.

a

Significance threshold FDR <0.001.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal